Построение филогенетического дерево по выравниванию представителей домена Cyclin_N

На основе множественного выравнивания представителей домена Cyclin_N c архитектурами Cyclin_N и Cyclin_N + Cyclin_C построено дерево представленное на Рис.1. Построение проводилось при помощи программы Phyml по алгоритму максимального правдоподобия с настройками для аминокислотного выравнивания с моделью TTJ с и без бутсрепа с к-вом итераций 500, а так же оптимизацией топологии, длины и веса ветвей. Визуализация дерева произведена при помощи сервиса iTOL. Префикс в названии означает архитектуру (1 - Cyclin_N, 2- Cyclin_N+Cyclin_C) и таксономию: Eukariota (таксон) и M-Metazoa (подтаксон), F-Fungi (подтаксон).

Как видно из Рис 1. у данного сколько-либо обособленной кладой являетс только клада Cyclin_N у грибов. В остальных кладах, в цлеом, видно наличие как белков различной архитектуры, так и белков различных подтаксонов. Это связано с тем, что во второй архитектуре (Cyclin_N и Cyclin_C) Cyclin_C является сильно подвижным, и как видно из дерева, происходила смена архитектур у различных организмов, чем и можно объяснить, что в кладах с определенной архитектурой вклинивается организм с иной ( с потерей или приобретением домена).

.