Подготовка материалов

На основе данных о эволюционных доменах получена выборка для домена Cyclin_N (pfam:PF00134) c архитектурой Cyclin_N в подтаксоне Fungi. Далее для работы скачан fasta-файл содержащий все 6213 белковые последовательности с сайта pfam, содержащие домен Cyclin_N. И создан fasta-файл содержащий все белки принадлежащие к семейству Cyclin_N и таксону Fungi и при этом содержащие архитектуру Cyclin_N.

Использование пакета HMMER 2.3.2

С помощью программы hmm2build построен профиль по малой выборке. Программой hmm2calibrate профиль откалиброван. На основе данных в всех последовательностях с доменом Cyclin_N произведен поиск профиля программой hmm2search. К-во находок сравнивалось с золотым стандартом, т.е. с к-вом белков принадлежащих семейству Cyclin_N и таксону Fungi и при этом содержащих архитектуру Cyclin_N. Порог e-value был 1e-6. Результат обработки данных представлен в Таблице 1. Обозначения: TP (пложительные результы), TN (действительно отрицательные), FP (ложно положительные), FN (ложно отрицательные),чувствительность (она же Recall или "True positive rate") R = TP/(TP+FN) иизбирательность (она же точноcть, она же "Positive prediction value") PPV = TP/(TP+FP). Как видно из Таб.1 по результатам чувствительности и изберательности, пратерн работает не плохо.

БД для поиска	золотой стандарт	результатов	TP	FP	TN	FN	R=TP/(TP+FN)	PPV=TP/(TP+FP)
6313	582	236	171	65	5666	411	0,293814433	0,7245762712

.