Сбор информации о ферменте P08319
Фермент, имеющий идентификатор P08319 был охарактеризован при помощи сервиса UniProt Найденные характеристики фермента P08319 представлены в Таблице 1.
| Фермент | Alcohol dehydrogenase 4 |
| Идентификатор Uniprot | P08319 |
| Код EC | 1.1.1.1 |
| EC 1 | Оксидоредуктазы |
| EC 1.1 | Воздействие на CH-OH группу донора |
| EC 1.1.1 | NAD+ или NADP+ в качестве акцептора |
| EC 1.1.1.1 | алкоголь дегидрогеназы |
| катализируемая реакция | (1) первичный спирт + NAD+ = альдегид + NADH + H+ (2) вторичный спирт + NAD+ = кетон + NADH + H+ |
Таблица 1. Основные характеристики фермента P08319 и его EC.
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
Для определения количества ферментов с близкими к ферменту P08319 функциями был осуществлен поиск при помощи сервиса SRS. Результат поиска представлен в Таблице 2.| Код реакции по EC | Количество ферментов человека в Swiss-Prot |
| EC 1. | 877 |
| EC 1.1 | 91 |
| EC 1.1.1 | 83 |
| EC 1.1.1.1 | 7 |
Таблица 2. Резултаты поиска схожих по функции с P08319 ферментов описанных в Swiss-Prot.
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
Для понимания уровня сохраниения ферментативной функции у cходных белку P08319 последовательностей в Mus musculus для всех белков c EC 1 была получена таблица AC/EC и fasta-файл со всеми последовательностями. Данные о составе анализируемого протеома по ферментативным функциям представлены в Таблице 3.
| Код реакции по EC | Колличество ферментов Mus musculus в Swiss-prot |
| EC 1. | 705 |
| EC 1.1. | 157 |
| EC 1.1.1. | 139 |
| EC 1.1.1.1. | 4 |
Таблица 3. Данные о составе анализируемого протеома (представленного в Swiss-Prot) по ферментативным функциям.
После этого был проведен бласт белка P08319 против сформированной базы белков с EC 1 из Mus musculus: e-value 1e-0. Результат для найденных последовательностей и анализа представлен в Таблице 4.
| позиция в результатах бласта | найденный белок | EC | можно считать гомологом | %idenity |
| 1 | sp|Q9QYY9|ADH4_MOUSE | 1.1.1.1 | да | 71.84 |
| 2 | sp|P28474|ADHX_MOUSE | 1.1.1.1; 1.1.1.-; 1.1.1.284 | да | 61.66 |
| 3 | sp|Q64437|ADH7_MOUSE | 1.1.1.1 | да | 56.32 |
| 4 | sp|P00329|ADH1_MOUSE | 1.1.1.1 | да | 57.63 |
| 5 | sp|Q64442|DHSO_MOUSE | 1.1.1.14 | нет | 23.91 |
| 6 | sp|Q3UNZ8|QORL2_MOUSE | 1.-.-.- | нет | 21.76 |
| 7 | sp|Q9DCS3|MECR_MOUSE | 1.3.1.38 | нет | 21.00 |
| 8 | sp|P47199|QOR_MOUSE | 1.6.5.5 | нет | 20.70 |
| 9 | sp|Q921W4|QORL1_MOUSE | 1.-.-.- | нет | 38.60 |
| 10 | sp|Q62465|VAT1_MOUSE | 1.-.-.- | нет | 26.55 |
| 11 | sp|Q80TB8|VAT1L_MOUSE | 1.-.-.- | нет | 30.65 |
| 12 | sp|P19096|FAS_MOUSE | 2.3.1.85; 2.3.1.38; 2.3.1.39; 2.3.1.41; 1.1.1.100; 4.2.1.59; 1.3.1.39; 3.1.2.14 | нет | 23.45 |
Таблица 4. Результаты поиска схожих с ферментом P08319 последовательностей в Mus musculus, принадлежащих к одному классу EC.
Как видно из Таблицы 4. из найденных 12 сходных по последовательности белков гомологичными можно считать только 4, которые катализируют одну и ту же реакцию. Среди прочего одному классу принадлежат все 12 последовательностей, одному подклассу-6, одному подподклассу-6.