Лого сайта
Классификация ферментов (EC)

Сбор информации о ферменте P08319

Фермент, имеющий идентификатор P08319 был охарактеризован при помощи сервиса UniProt Найденные характеристики фермента P08319 представлены в Таблице 1.

Фермент Alcohol dehydrogenase 4
Идентификатор Uniprot P08319
Код EC 1.1.1.1
EC 1 Оксидоредуктазы
EC 1.1 Воздействие на CH-OH группу донора
EC 1.1.1 NAD+ или NADP+ в качестве акцептора
EC 1.1.1.1 алкоголь дегидрогеназы
катализируемая реакция (1) первичный спирт + NAD+ = альдегид + NADH + H+
(2) вторичный спирт + NAD+ = кетон + NADH + H+

Таблица 1. Основные характеристики фермента P08319 и его EC.

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

Для определения количества ферментов с близкими к ферменту P08319 функциями был осуществлен поиск при помощи сервиса SRS. Результат поиска представлен в Таблице 2.
Код реакции по EC Количество ферментов человека в Swiss-Prot
EC 1. 877
EC 1.1 91
EC 1.1.1 83
EC 1.1.1.1 7

Таблица 2. Резултаты поиска схожих по функции с P08319 ферментов описанных в Swiss-Prot.

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

Для понимания уровня сохраниения ферментативной функции у cходных белку P08319 последовательностей в Mus musculus для всех белков c EC 1 была получена таблица AC/EC и fasta-файл со всеми последовательностями. Данные о составе анализируемого протеома по ферментативным функциям представлены в Таблице 3.

Код реакции по EC Колличество ферментов Mus musculus в Swiss-prot
EC 1. 705
EC 1.1. 157
EC 1.1.1. 139
EC 1.1.1.1. 4

Таблица 3. Данные о составе анализируемого протеома (представленного в Swiss-Prot) по ферментативным функциям.

После этого был проведен бласт белка P08319 против сформированной базы белков с EC 1 из Mus musculus: e-value 1e-0. Результат для найденных последовательностей и анализа представлен в Таблице 4.

позиция в результатах бласта найденный белок EC можно считать гомологом %idenity
1 sp|Q9QYY9|ADH4_MOUSE 1.1.1.1 да 71.84
2 sp|P28474|ADHX_MOUSE 1.1.1.1; 1.1.1.-; 1.1.1.284 да 61.66
3 sp|Q64437|ADH7_MOUSE 1.1.1.1 да 56.32
4 sp|P00329|ADH1_MOUSE 1.1.1.1 да 57.63
5 sp|Q64442|DHSO_MOUSE 1.1.1.14 нет 23.91
6 sp|Q3UNZ8|QORL2_MOUSE 1.-.-.- нет 21.76
7 sp|Q9DCS3|MECR_MOUSE 1.3.1.38 нет 21.00
8 sp|P47199|QOR_MOUSE 1.6.5.5 нет 20.70
9 sp|Q921W4|QORL1_MOUSE 1.-.-.- нет 38.60
10 sp|Q62465|VAT1_MOUSE 1.-.-.- нет 26.55
11 sp|Q80TB8|VAT1L_MOUSE 1.-.-.- нет 30.65
12 sp|P19096|FAS_MOUSE 2.3.1.85; 2.3.1.38; 2.3.1.39; 2.3.1.41; 1.1.1.100; 4.2.1.59; 1.3.1.39; 3.1.2.14 нет 23.45

Таблица 4. Результаты поиска схожих с ферментом P08319 последовательностей в Mus musculus, принадлежащих к одному классу EC.

Как видно из Таблицы 4. из найденных 12 сходных по последовательности белков гомологичными можно считать только 4, которые катализируют одну и ту же реакцию. Среди прочего одному классу принадлежат все 12 последовательностей, одному подклассу-6, одному подподклассу-6.