Лого сайта
Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Определение, в каких метаболических путях участвует фермент P08319

Согласно данным о ферменте P08319 в Swiss-Prot, его идентификатор в Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) hsa:127. По данным KEGG определены метаболические пути фермента P08319. Данные представлены в Таблице 1. Так же определено графическое (см. Рисунок 1.) представление первого метаболического пути, присущего P08319.

идентификатор KEGG английское название русское название
hsa00010 Glycolysis / Gluconeogenesis Гликолиз/Глюкогенез
hsa00071 Fatty acid degradation Деградация жирных кислот
hsa00350 Tyrosine metabolism Метаболизм тирозина
hsa00830 Retinol metabolism Метаболизм ретинола
hsa00980 Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 Метаболизм ксенобиоткиков при помощи цитохрома P450
hsa00982 Drug metabolism - cytochrome P450 Метаболизм лекарств - цитохром P450
hsa05204 Chemical carcinogenesis Хемических карциногенез

Таблица 1. Описание метаболических путей записи KEGG hsa:127, относящейся к ферменту P08319.

Рисунок 1. Схема метаболического пути гликолиза\глюкогенеза присущего записи hsa:127.

Поиск в KEGG структурных формул заданных соединений

В качестве целевых веществ для поиска были выбраны L-тирозин и L-адреналин. После чего был проведен поиск данных о них при помощи сервиса KEGG. Результаты представлены в Таблице 2.

русское название английское название идентификатор структурная формула
L-тирозин L-Tyrosine C00082
L-адреналин L-Adrenaline C00788

Таблица 2. Полученные из KEGG данные о 2-х заданных веществах.

поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

При помощи сервиса KEGG был осуществлен поиск метаболического пути от L-тирозина к L-адреналину:
Карта: метаболизм тирозина.
Путь: L-тирозин→ L-адреналин.
Полный путь представлен на Рисунке 2.

Рисунок 2. Схема метаболического пути перехода от L-тирозина (красный) к L-адреналину (зеленый) через интермедиаты (желтый) .

Мнение о KEGG

KEGG довольно интересная база данных. Её веб-интерфейс в достаточной мере продуман и дружелюбен для пользователя.

Данная база может помочь в решении следующего круга задач молекулярных биологов:

В целом очень хороший и наглядный сервис.

.