Определение, в каких метаболических путях участвует фермент P08319
Согласно данным о ферменте P08319 в Swiss-Prot, его идентификатор в Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) hsa:127. По данным KEGG определены метаболические пути фермента P08319. Данные представлены в Таблице 1. Так же определено графическое (см. Рисунок 1.) представление первого метаболического пути, присущего P08319.
| идентификатор KEGG | английское название | русское название |
| hsa00010 | Glycolysis / Gluconeogenesis | Гликолиз/Глюкогенез |
| hsa00071 | Fatty acid degradation | Деградация жирных кислот |
| hsa00350 | Tyrosine metabolism | Метаболизм тирозина |
| hsa00830 | Retinol metabolism | Метаболизм ретинола |
| hsa00980 | Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 | Метаболизм ксенобиоткиков при помощи цитохрома P450 |
| hsa00982 | Drug metabolism - cytochrome P450 | Метаболизм лекарств - цитохром P450 |
| hsa05204 | Chemical carcinogenesis | Хемических карциногенез |
Таблица 1. Описание метаболических путей записи KEGG hsa:127, относящейся к ферменту P08319.
Рисунок 1. Схема метаболического пути гликолиза\глюкогенеза присущего записи hsa:127.
Поиск в KEGG структурных формул заданных соединений
В качестве целевых веществ для поиска были выбраны L-тирозин и L-адреналин. После чего был проведен поиск данных о них при помощи сервиса KEGG. Результаты представлены в Таблице 2.
| русское название | английское название | идентификатор | структурная формула |
| L-тирозин | L-Tyrosine | C00082 |  |
| L-адреналин | L-Adrenaline | C00788 |  |
Таблица 2. Полученные из KEGG данные о 2-х заданных веществах.
поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому
При помощи сервиса KEGG был осуществлен поиск метаболического пути от L-тирозина к L-адреналину:
Карта: метаболизм тирозина.
Путь: L-тирозин→ L-адреналин.
Полный путь представлен на Рисунке 2.
Рисунок 2. Схема метаболического пути перехода от L-тирозина (красный) к L-адреналину (зеленый) через интермедиаты (желтый) .
Мнение о KEGG
KEGG довольно интересная база данных. Её веб-интерфейс в достаточной мере продуман и дружелюбен для пользователя.
Данная база может помочь в решении следующего круга задач молекулярных биологов:
- Определение участников каких-либо метаболических путей и всевозможных участников процесса: KEGG PATHWAY
- Поиск и определение ортологичных групп: KEGG ORTHOLOGY
- Работа с полногеномной информацией: KEGG GENOME
- Работа с отдельными генами и их продуктами: KEGG GENES
- Изучение различных взаимаодействий с низкомолекулярными соединениями: KEGG COMPOUND
- Обзор и изучение биохимических реакций: KEGG REACTION
- Изучение с человеческих заболеваний ( в основном рак или инфекционные заболевания): KEGG DISEASE
- Классификация лекарственных средств: KEGG DRUG
- Работа с медицинскими данными: KEGG MEDICUS
- и многое другое.
В целом очень хороший и наглядный сервис.
.