Выбор домена, архитектур и таксонов, их краткое описание

В качестве домена с которым в дальнейшем будет вестись работа был выбран домен Cyclin_N.
Краткая информация о домене:

• AC: PF00134
• ID: Cyclin_N (Страница Pfam)
• Циклины – семейство белков, регулирующих процесс клеточного цикла через активацию циклин-зависимых киназ. Циклины состоят из двух доменов:N-концевого и C-концевого.
• В базе Pfam записано 6213 последовательностей, содержащих этот домен, они относятся к 547 видам и 86 архитектурам (Страница архитектур Pfam)

C помощью программы JalView было загружено выравнивание из Pfam (File > Fetch Sequences по AC PF00134). Выравнивание было раскрашено по консервативности (ClustalX и By conservation с порогом консервативности 20%). К последовательности CCNA2_BOVIN была добавлена 3D структура (PDB ID 1VIN). Выравнивание было сохранено как проект JalView в файле pr_9_cyclinn.jar и как fasta.

Отбор архитектур.

Для работы были отобранны следующие архитектуры: Информация о них представлена в Таб.1

Архитектура	Число представителей	Описание второго домена
Cyclin_N	3203	Однодоменная архитектура, содержащая только домен Cyclin_N
Cyclin_N, Cyclin_C	2770	Cyclin_C (PF02984): C-концевой домен циклина

Для всех белков из Uniprot, содержащих рассматриваемый домен, составлена сводная таблица, где произведен отбор по архитектуре (Cyclin_n и Cyclin_N,Cyclin_c) и таксономии (таксон Eukaryota с подтаксоном Fungi и Metazoa) для анализа. Полученное ранее выравнивание было отфильтровано по содержанию рассматриваемой выборки, пустые колонки были удалены, произведена группировка по архитектурам. Внутри групп расскраска по схеме clustalx с раскраской по косервативности с порогом в 15%, имена изменены с учемтом группы (1 или 2) и таксономии (F-fungi, M-metazoa). Выравнивание было сохранено как проект JalView в файле pr_9_cyclinn.jar и как fasta и представлено на Рис.1.

.