Выбор домена, архитектур и таксонов, их краткое описание
В качестве домена с которым в дальнейшем будет вестись работа был выбран домен Cyclin_N.
Краткая информация о домене:
- AC: PF00134
- ID: Cyclin_N (Страница Pfam)
- Циклины – семейство белков, регулирующих процесс клеточного цикла через активацию циклин-зависимых киназ. Циклины состоят из двух доменов:N-концевого и C-концевого.
- В базе Pfam записано 6213 последовательностей, содержащих этот домен, они относятся к 547 видам и 86 архитектурам (Страница архитектур Pfam)
Отбор архитектур.
Для работы были отобранны следующие архитектуры: Информация о них представлена в Таб.1
Таблица 1.Описание отобранных доменных архитектур. Рисунок 1. Множественное выравнивание выборки гомологов с группировкой по архитектурам: 1- Cyclin_n, 2- Cyclin_n,Cyclin_c; имена c пометками по таксономии (F-fungi, M-metazoa), раскрасска внутри групп по схеме clustalx с порогом по консервативности в 15%
Архитектура
Число представителей
Описание второго домена
Cyclin_N
3203
Однодоменная архитектура, содержащая только домен Cyclin_N
Cyclin_N, Cyclin_C
2770
Cyclin_C (PF02984): C-концевой домен циклина