Структура – 2Z3B
Продолжим исследование структуры 2Z3B.
Рисунок 1. Одна из биологических интерпретаций структуры 2Z3B.
В pdb-файле содержится информация о кристаллической решётке фермента в строке с префиксом CRYST1 представленная ниже:
CRYST1
CRYST1 185.050 106.800 152.700 90.00 112.00 90.00 C 1 2 1 48
Из содержимого CRYST1 видно основные характеристики кристалла:
Длины направляющих векторов кристалла:
- a = 185.050 Å
- b = 106.800 Å
- c = 152.700 Å
Углы между направляющими векторами кристалла:
- a = 90.00 °
- b = 112.00 °
- c = 190.00 °
Кристаллографическая группа: C 1 2 1, то есть ячейка моноклинная; изображение ячейки представлено на Рисунке 2.
Число молекул в ячейке: 48
Рисунок 2. Изображение кристаллографической симметрии C 1 2 1.
Построение соседних ячеек кристалла
Выполним построение соседних ячеек кристалла. Важно отметить, что структура 2Z3B довольно сложна, т.к. ассиметрическая едицица содержит 24 белковых цепи.
Построение соседних ячеек
symexp sym, 2z3b, 2z3b, 5
Рисунок 3. Визуализация соседних ячеек. Исходная структура показана синим цветом.
Рисунок 4. Визуализация взаимодействия между участком цепи A (синим) и цепи I (зеленым) из сосдедней восстановленной ячейки.
Рисунок 5. Визуализация всех остатков стуктуры (синие) участвующих во взаимодействии с соедними ячейками (зеленые).
Как видно из Рисунка 5 количесто зон контакта велико (более 40). При такой кристаллизации, можно предположить, что в самом акте кристаллизации белка сыграла роль межмоллекулярных контактов.
Структура ДНК-белкового комплекса 3HDD
Для работы была выбрана структура 3hdd, содержащая комплекс гомеодомена D. melanogaster с ДНК.
В этой структуре одна из молекул белка находится на краю молекулы ДНК, см. Рисунок 6. На первый взгляд это кажется странным.
Рисунок 6. Визуализация 3HDD.
Рисунок 7. Визуализация 3HDD с элементами соседних ячеек.
Первым делом была восстановлена соседняя ячейка (Рисунок 7). Видно, что концевые нуклеотиды соседних цепей ДНК образуют пару.
Из этого следует, что молекула белка расположена не на краю цепи ДНК, а в середине. При этом взаимодействия ничем не отличаются от взаимодействий белка, расположенного посредине ДНК.