Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U00096	genomic DNA	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.	4639675
J01611	genomic DNA	STD	PRO	02-APR-1988	E.coli frd operon, fumarate reductase (flavoprotein subunit frdA and iron/sulfur subunit frdB), and beta-lactamase (ampC) genes, complete cds.	5482
U14003	genomic DNA	STD	PRO	30-NOV-1994	Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.	338534
V00277	genomic DNA	STD	PRO	03-NOV-1982	Fragments of the E. coli genes frdB and ampC. frd is the gene for fumarate reductase and ampC codes for a beta-lactamase (E.coli K-12). Two unknown reading frames are also found.	956

Первая запись является полным геномом Escherichia coli K12.
Во второй записи содержатся: оперон ampC_Ecoli и флавопротеина.
Третья запись содержит хромосомный регион.
Четвертая запись содержит фрагменты генов frdB и ampC_Ecoli.

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

	I	II
ID записи	J01611	U00096
Начало гена в записи	4156	4375834
Конец гена в записи	5289	4376967
Направление гена	прямое	обратное

Программой needle пакета EMBOSS было получено выравнивание фрагментов J01611 и U00096. Выравнивание имеет процент идентичности 99.2%.

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Ген на прямой цепи:
--[586995..587067]--...--[589626..589669]--->

Всего 8 экзонов из которых 7 транслируемых;
Длина самого короткого экзона: 32;
Длина самого длинного экзона: 275;
Длина самого короткого интрона: 94;
Длина самого длинного интрона: 573;