Предсказывание парных выравниваний |
| Для этого практикума были выбраны последователности те же, что и для прошлого практикума 8
Сам проект для этого практикума был сохранен в двух форматах: с расширением jar Файл с расширением jvp. |
| Задание 1 |
| При помощи Principle component analysis были выбраны EUBR3/1-153 и ENTFO/1-146 как наименее схожие.
с последовательностями можно ознакомиться перейдя по ссылкам |
| Задание 2 и 3 |
| Были удалены все лишние последовательности и удалены гэпы (remove all gaps). После чего последовательности были сохранены в отдельные файлы 1 и 2 |
| Результат: |
|
| Задание 4 |
| Было сделано 2 локальных выравнивание при помощи программы water:water, для которго значения для штрафа за гэп = 10, за продолжене гэпа = 0,5ъ
water1, которого был увеличен штраф за продолжение гэпа.
Также было сделаны 2 глобальных выравнивания при помощи needle: needle, для которого значения для штрафа за гэп = 10, за продолжене гэпа = 0,5
needle2, для которго был увеличен сам штраф за гэп. |
| Needle |
|
| Needle1 |
|
| Water |
|
| Water1 |
|
| Задание 5 |
| Далее были выбраны D9Q2Q0 и D2R7Q1 как не гомологичные и были построены их локальное и глобальное выранивание. Сами выравнивания приведенны ниже.
Файл содержащий глобальное выравнивание можно посмотреть (выполено с помощью needle) здесь , а локальное (выполнено с помощью water) - здесь.
Все программы использовались со стандартными настройками. |
| Глобальное needle |
|
| Локальное water |
|
| Задание 7 |
При сравнение оказалось, что при использование программы needle длина не изменилась, а вот при использование программы water длина увеличилась,
а длина - уменьшилась. При чем само расположение гэпов полностью совпало, только последовательность была смещенна D9Q2Q0, а последовательность D2R7Q1 - удлиненна. |
| Двойное выравнивание |
|
| Задание 8 |
| Таблица |
| Вырыавнивание | длина | число и %
консервативных
колонок | идентичные колонки | гэпы |
| Множественное | 159 | 103 | 35 | 6 |
| Needle | 164 | 63(40%) | 41(25) | 9 |
| Needle1 | 157 | 56(35) | 34(21%) | 4 |
| Water | 164 | 63(38%) | 41(25%) | 9 |
| Water1 | 155 | 61(40%) | 40(26%) | 6 |
| Не гомологичный needle | 520 | 96(18%) | 67 (13%) | 18 |
| Не гомологичный water | 374 | 91(20%) | 64(17%) | 19 |
| Выводы |
| 1) Программы needle и water выдают близкие или даже одинаковые ответы. Однако при локальном выравнивание гэпов как правило больше и длина самих последовательностей может не совпадать |
2) Локальное варавнивание лучше глобальногго, так как помогает найти гомологичные участки псоледовательностей, а не выравнивает всю последоваткльнось.
Благодаря этому можно найти можно найти сходные участки у не гомологичных последоваетельностей. К сожалению, этот метод не всегда применим. |
| 3)В зависимости от задачи предпочтителен множнественное или парное выравнивание. Но в любом случае они весьма близки по результатамю |
