Задание 1 |
Из сборки генома X5 был выбран скэффолд (scaffold-698), длина которого составляет 23460 п.о.
|
| При помощи blastx был произведен поиск близкородственного организма, так как этот алгоритм ищет продект гена. |
| Самым близким организмом, для которого было произведено обучение сервиса AUGUSTUS - Ustilago maydis (fungus) |
| Результат работы AUGUSTUS включает следующие файлы: |
| Augustus.aa содержит аминокислотные последовательности белков, транслированные с найденных генов (формат fasta). |
| Augustus.cdsexons содержит нуклеотидные последовательности экзонов найденных в предсказанных генах (формат fasta). |
| Augustus.codingseq содержит кодирующие нуклеотидные последовательности генов. |
| Augustus.gbrowse представляет информацию, обрабатываемую геномным браузером GBrowse; |
| Augustus.gff содержит подробную информацию о предсказанных генах. Указаны координаты: интронов, CDS, гена, его транскрипта, старт- и стоп-кодонов. |
| Augustus.gtf содержит ту же информацию, что и файл augustus.gff в виде единой таблицы. |
| Далее был произведен анализ для 2 предсказанных генов:g1 и g2. |
| Для первого были обнаружены три находки: |
 |
| Для первого были обнаружены три хорошие находки: |
Первая (подтверждена на гомологичном уровне) |
Вторая (экспериментально) |
Третья (экспериментально) |
 |
| Для второго были обнаружены две подтвержденные находки: |
Первая (подтверждена на гомологичном уровне) |
Вторая (экспериментально) |
| У всех гомологов очень низкий Score, так что существует вероятность ошибки |
Задание 2 |
| Для этого задания был выбран ген человека IRF6. |
| IRF6 (interferon regulatory factor 6) - регулирующий интерферон фактор 6 — белок, который у человека, кодируется геном IRF6. |
| Регуляторные факторы интерферона содержат консервативную N-концевую область около 120 аминокислот, содержащиеся в структуре, которая специфически связывается с последовательностью интерферонного консенсуса (ICS), стоящего перед генами интерферона. |
| Остальные части последовательности регуляторного фактора интерферона изменяются в зависимости от точной функции белка. |
| По данным NCBI данный ген располагается на 1 хромосоме. Координаты: 209785623..209806175 |
| Скриншот с браузера |
 |
| Таблица сравнения |
| Что хотелось бы отметить при сравнении аннотаций: |
| В предсказаниях не совпадают координаты начала 1 экзона и координаты конца последнего (отличия выделены в таблице красным цветом). |
| 1 экзон в аннотации Refseq разбит на три экзона в аннотации AUGUSTUS (выделены светло-зеленым) |
| В аннотации Refseq указан 8 экзон, который не определил AUGUSTUS (выделен зеленым). Можно предположить, что AUGUSTUS не аннотировал этот экзон так как он, вероятно, вырезается или нет при альтернативном сплайсинге. |
| В аннотации Refseq CDC не делится на 3 без остатка, так же, как и CDC для AUGUSTUS, что нетипично. |
| Конец CDC у Refseq и AUGUSTUS совпадают, в отличии от начала.
|
| В целом аннотации сильно отличаются
|
|