Задание 1 |
| Была выбрана архея Methanopyrus kandleri AV19 (fasta-файл). |
| При помощи комманды getorf seq.fasta -table minsize 180 circular -find 0 был получен файл ae009439.orf |
| Далее с помощью комманда infoseq ae009439.orf -nousa -nopgc -noorganism -outfile result.xls |
| Таблица Excel, содержащая список координат и ориентаций найденных открытых рамок |
| Таблица аннотированных генов белков в формате Excel. |
| Файл с последовательностями белков в формате fasta |
| Объединенная таблица |
|
|
| Открытых рамок оказалось существенно больше (14810), чем аннотированых белков (1687). |
| Очень часто встречались сдвиги на три нуклеотида: |
 |
 |
 |
| Были также обнаружены случаи, когда начало почти совпадало, но не конец |
 |
| Getorf не смог найти некоторые белки. Возможна причина: был установлен порог длины равный белку размером более 60 а.о. |
| ССылка на | контиг |
 |