Для выполнения данного задния из списка протеобактерий, представленного на сайте, были выбраны 8 видов, названия которых собраны в Таблице 1.
Таблица 1. Выбранные протеобактерии. |
|
Название | Мнемоника |
Salmonella typhimurium | SALTY |
Yersinia pestis | YERPE |
Proteus mirabilis | PROMH |
Pseudomonas aeruginosa | PSEAE |
Ralstonia solanacearum | RALSO |
Neisseria meningitidis | NEIMA |
Agrobacterium tumefaciens | AGRRK |
Rhodobacter sphaeroides | RHOS4 |
Затем для построения дерева была создана скобочная формула: (((((SALTY,YERPE),PROMH),PSEAE),(RALSO,NEIMA)),(AGRRK,RHOS4)); Которая в свою очередь была записана в файл формата .tre, а затем открыта с помощью программы MEGA. Результат этой работы представлен на Рис. 1.
Рис. 1. Изображение дерева. |
Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
{SALTY,YERPE} vs {PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}
{SALTY,YERPE,PROMH} vs {PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}
{SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE} vs {RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}
{SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA} vs {AGRRK,RHOS4}
{SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,AGRRK,RHOS4} vs {RALSO,NEIMA}
Помимо этого, была определена таксономия выбранных и указанных в Таблице 1 видов бактерий с помощью сервиса Taxonomy NCBI, данные об этом собраны в Таблицу 2.
|
|
Также цветами в Таблице 2 были выделены таксономические группы такие, как классы и порядки, которые являются общими для некоторых видов, этими же цветами данное сходство показано на полученном ранее дереве. В результате данного анализа обнаружено, что некоторые нетривиальные ветви выделяют отдельные таксоны и информация об этом представлена в Таблице 3.
Таблица 3. Соответствие нетривиальных ветвей и таксонов. |
|
Таксон | Нетривиальная ветвь |
Gammaproteobacteria | {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE} vs {RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4} |
Betaproteobacteria | {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,AGRRK,RHOS4} vs {RALSO,NEIMA} |
Alphaproteobacteria | {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA} vs {AGRRK,RHOS4} |
Enterobacterales | {SALTY,YERPE,PROMH} vs {PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4} |