Отобранные бактерии

Для выполнения данного задния из списка протеобактерий, представленного на сайте, были выбраны 8 видов, названия которых собраны в Таблице 1.

Таблица 1. Выбранные протеобактерии.
Название Мнемоника
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pestis YERPE
Proteus mirabilis PROMH
Pseudomonas aeruginosa PSEAE
Ralstonia solanacearum RALSO
Neisseria meningitidis NEIMA
Agrobacterium tumefaciens AGRRK
Rhodobacter sphaeroides RHOS4

Построение дерева

Затем для построения дерева была создана скобочная формула:
(((((SALTY,YERPE),PROMH),PSEAE),(RALSO,NEIMA)),(AGRRK,RHOS4));
Которая в свою очередь была записана в файл формата .tre, а затем открыта с помощью программы MEGA. Результат этой работы представлен на Рис. 1.

Рис. 1. Изображение дерева.

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

  • {SALTY,YERPE} vs {PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}

  • {SALTY,YERPE,PROMH} vs {PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}

  • {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE} vs {RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}

  • {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA} vs {AGRRK,RHOS4}

  • {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,AGRRK,RHOS4} vs {RALSO,NEIMA}

Филогения протеобактерий

Помимо этого, была определена таксономия выбранных и указанных в Таблице 1 видов бактерий с помощью сервиса Taxonomy NCBI, данные об этом собраны в Таблицу 2.

Таблица 2. Таксономия протеобактерий.
Название Таксономия Название Таксономия
Salmonella typhimurium Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Enterobacterales;
Enterobacteriaceae;
Salmonella		 Yersinia pestis Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Enterobacterales;
Yersiniaceae;
Yersinia
Proteus mirabilis Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Enterobacterales;
Morganellaceae;
Proteus		 Pseudomonas aeruginosa Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Pseudomonadales;
Pseudomonadaceae;
Pseudomonas
Ralstonia solanacearum Bacteria;
Proteobacteria;
Betaproteobacteria;
Burkholderiales;
Burkholderiaceae;
Ralstonia		 Neisseria meningitidis Bacteria;
Proteobacteria;
Betaproteobacteria;
Neisseriales;
Neisseriaceae;
Neisseria
Agrobacterium tumefaciens Bacteria;
Proteobacteria;
Alphaproteobacteria;
Rhizobiales;
Rhizobiaceae;
Rhizobium/Agrobacterium group;
Agrobacterium		 Rhodobacter sphaeroides Bacteria;
Proteobacteria;
Alphaproteobacteria;
Rhodobacterales;
Rhodobacteraceae;
Rhodobacter

Рис. 2. Детали таксономии.

Также цветами в Таблице 2 были выделены таксономические группы такие, как классы и порядки, которые являются общими для некоторых видов, этими же цветами данное сходство показано на полученном ранее дереве. В результате данного анализа обнаружено, что некоторые нетривиальные ветви выделяют отдельные таксоны и информация об этом представлена в Таблице 3.

Таблица 3. Соответствие нетривиальных ветвей и таксонов.
Таксон Нетривиальная ветвь
Gammaproteobacteria {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE} vs {RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}
Betaproteobacteria {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,AGRRK,RHOS4} vs {RALSO,NEIMA}
Alphaproteobacteria {SALTY,YERPE,PROMH,PSEAE,RALSO,NEIMA} vs {AGRRK,RHOS4}
Enterobacterales {SALTY,YERPE,PROMH} vs {PSEAE,RALSO,NEIMA,AGRRK,RHOS4}

Ссылка на дополнительное задание