Доменная архитектура белка YojM_BACSU в соответсвии с банком Pfam
В банке данных Pfam был проведён поиск доменов, содержащихся в белке YojM_BACSU. Результаты представлены в таблице 1.
Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка YojM_BACSU | Клан |
| 1. | PF00080 | SOD_Cu | Цинк/медные супероксид дисмутазы. СОДы катализируют превращение свободных радикалов кислорода до перекиси водорода и молекулярного кислорода. |
42–189 | нет |
| 2. | sig_p | Сигнальный пептид | 1–19 | ||
Описание домена SOD_Cu (PF00080)
- Домен входит в 29 разных архитектур;
- Последовательность известна для 3852 белков, содержащих домен;
- Пространственная структура определена для 28 разных белков, содержащих домен (всего 488 записей PDB);
- Выравнивание "seed" фрагментов можно посмотреть на рисунке 1 (на странице не представлен) или через msf-файл
.
Описание доменной архитектуры: Cu_amine_oxidN1, Sod_Cu
Для анализа была выбрана доменная архитектура, состоящая из 2 доменов: Cu_amine_oxidN1, Sod_Cu и сигнального пептида вначале.
- Об Sod_Cu говорилось в предыдущем разделе;
- Cu_amine_oxidN1 (Copper amine oxidase N-terminal domain) - это N-концевой домен медь-содержащей аминооксидазы. Медные аминооксидазы катализируют окислительное дезаминирование первичных аминов до соответствующих альдегидов при одновременном превращении молекулярного кислорода в пероксид водорода.
В таблице 2 можно ознакомиться с тем, как часто и в каких организмах встречается каждый из доменов.
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00080
|
Количество белков с доменом PF07833
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 471 | 4 формы у 1 вида |
| Грибы | 470 | 0 | |
| Животные | 843 | 0 | |
| Остальные эукариоты | 88 | 0 | |
| Археи | 3 | 0 | |
| Бактерии | 1857 | 2178 форм у 439 видов | |
| Вирусы | 120 | 1 | |
Примечательно, что домен Cu_amine_oxidN1 распространён только среди бактерий (1 подвид Physcomitrella patens из листостебельных мхов и фаг бацилл Paenibacillus не в счёт). Поэтому вся рассматриеваемая архитектура встречается тоже только у бактерий.
Зато домен Sod_Cu в отдельности распространён довольно широко как среди бактерий (преимущественно у них), так и среди всех эукариот; но встречается реже среди вирусов и всего у 3 архей.
Сравнение описаний мотивов в разных банках семейст по даным InterPro
На сервере Европейского Биоинформатического Института сервисом InterPro найдены все подписи белка YojM_BACSU (изображены на рисунке 2)
Рисунок 2. Разметка мотивов InterPro белка YojM_BACSUНекоторые пояснения:
- Самый короткий мотив называется Prokar_Lipoprotein (PS51257). Он описан в банке Prosite.
- SOD_CU_ZN (SS49329) - самый длинный мотив. Описан он в банке Superfamily.
В InterPro интегрировна 1 структурная подпись, относящаяся к белку YojM_BACSU - Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain (IPR001424). Она почти не отличается от таковой в Pfam, рассмотренной в 1-ом разделе - SOD_Cu (PF00080) - и начинается всего на 1 аминокислоту раньше. То есть границы этого домена лежат в отрезке 41–189 (42–189 по данным Pfam). Такая разница абсолютно не критична.