Семестр I
- Белок с PDB ID 1XTM бактерии Bacillus subtilis
- Белок YOJM_BACSU бактерии Bacillus subtilis (штамм 168)
- Внутримолекулярные взаимодействия в структуре белка 1XTM
- Описание области контакта белка и лиганда ZINC ION в структуре 1XTM
- Бактерия Streptobacillus moniliformis
Семестр II
- Описание программ
- UniProt
- Поисковые системы
- Поисковая система PubMed
- Парные выравнивания белков. Применение алгоритмов парных выравниваний к белку YojM_BacSu
- BLASTP
- Множественное выравнивание
- Паттерны и банк PROSITE
- Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro
- Поиск мотивов, программы MEME и MAST
- Формирование семейства гомологов с использованием PSI-Blast
Семестр III
- Химическое строение нуклеиновых кислот
- A- и В- формы ДНК. Структура РНК
- Комплексы ДНК-белок
- Нуклеотидные банки данных
- Онлайн BLAST
- Standalone BLAST
- EMBOSS
- Геномные браузеры
Семестр IV
- Знакомство с филогенетическими деревьями
- Реконструкция филогенетических деревьев
- Реконструкция деревьев. Укоренение и бутстреп
- Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья. содержащие паралоги
- Классификация ферментов
- Киотская энциклопедия генов и геномов
- Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED
- Особенности мембранных белков
- Эволюционные домены
- Профили
Семестр VII
- Отображение электронной плотности
- Восстановление электронной плотности
- Восстановление кристалла
- Изучение файла структурных факторов
- Изучение структур, расшифрованных с помощью ЯМР
- Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры 1XTM
- Определение вторичной структуры
- Совмещение структур
- Нахождение гидрофобных кластеров
- Построение и раскраска поверхности
- Сравнение доменов
- Использование сайта PDB
Семестр VIII
- Знакомство с Pymol
- Работа Pymol
- Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
- Ab initio вычисления для нафталина и азулена
- Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики
- Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
- Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
- Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
- Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
- Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
- Макромолекулярный докинг