Некоторые особенности белка YojM_BacSu по данным Swiss-Prot 
ID YOJM_BACSU_1; parent: YOJM_BACSU
FT SIGNAL 1 17 Potential.
SQ Sequence 17 AA;
MHRLLLLMML TALGVAG
//
Данная последовательность является сигнальным пептидом белка.
//
ID YOJM_BACSU_5; parent: YOJM_BACSU
FT METAL 137 137 Zinc; shared with dimeric partner;
FT structural.
SQ Sequence 1 AA;
D
//
137-ой аминокислотный остаток связан с ионом Zn(2+),
который принадлежит обоим субъединицам димера белка в кристаллической форме.
//
ID YOJM_BACSU_19; parent: YOJM_BACSU
FT HELIX 99 101
SQ Sequence 3 AA;
ESA
//
Данная последовательность аминокислотных остатков укладывается в 3-10 спираль.
//
ID YOJM_BACSU_15; parent: YOJM_BACSU
FT STRAND 64 74
SQ Sequence 11 AA;
DDEGLDIHIS A
//
Данная последовательность является 3-им бета-тяжом.
//
Описание всех записей банка PDB, относящихся к белку YojM_BacSu
В банке данных PDB нашлось 4 записи по белку YojM_BacSu:
- PDB:1S4I
- PDB:1U3N
- PDB:1XTL
- PDB:1XTM
Описание найденных записей в виде PDBShortView:
PDB:1S4I CRYSTAL STRUCTURE OF A SOD-LIKE PROTEIN FROM BACILLUS SUBTIL MOL_ID: 1; MOLECULE: SUPEROXIDE DISMUTASE-LIKE PROTEIN YOJM; CHAIN: B, A, C, D; EC: 1.15.1.1; ENGINEERED: YES MOL_ID: 1; ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; ORGANISM_TAXID: 1423; GENE: YOJM, BSU19400; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562 SOD, CU-ZN SOD, SOD-LIKE, SUPEROXIDE DISMUTASE, OXIDOREDUCTA L.BANCI,I.BERTINI,V.CALDERONE,F.CRAMARO,R.DEL CONTE,A.FANTON S.MANGANI,A.QUATTRONE,M.S.VIEZZOLI PDB:1U3N A SOD-LIKE PROTEIN FROM B. SUBTILIS, UNSTRUCTURED IN SOLUTION, BECOMES ORDERED IN THE CRYSTAL: IMPLICATIONS FOR FUNCTION AND FOR FIBRILLOGENESIS MOL_ID: 1; MOLECULE: HYPOTHETICAL SUPEROXIDE DISMUTASE-LIKE PROTEIN YOJM; CHAIN: A; FRAGMENT: SOD-LIKE; ENGINEERED: YES MOL_ID: 1; ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; ORGANISM_TAXID: 1423; GENE: YOJM, BSU19400; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: TOPP1; EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PBR322; EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PPMSOD159 SOD-LIKE; BACILLUS SUBTILIS; BSSOD; SOLUTION STRUCTURE; NMR; METALLOPROTEIN, UNKNOWN FUNCTION L.BANCI,I.BERTINI,V.CALDERONE,F.CRAMARO,R.DEL CONTE, A.FANTONI,S.MANGANI,A.QUATTRONE,M.S.VIEZZOLI PDB:1XTL CRYSTAL STRUCTURE OF P104H MUTANT OF SOD-LIKE PROTEIN FROM B SUBTILIS. MOL_ID: 1; MOLECULE: HYPOTHETICAL SUPEROXIDE DISMUTASE-LIKE PROTEIN YO CHAIN: B, A, C, D; ENGINEERED: YES; MUTATION: YES MOL_ID: 1; ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; ORGANISM_TAXID: 1423; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: TOP1 SOD, CU-ZN SOD, SOD-LIKE, SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANTS, STRU GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION V.CALDERONE,S.MANGANI,L.BANCI,M.BENVENUTI,I.BERTINI,M.S.VIEZ A.FANTONI PDB:1XTM CRYSTAL STRUCTURE OF THE DOUBLE MUTANT Y88H-P104H OF A SOD-L PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS. MOL_ID: 1; MOLECULE: HYPOTHETICAL SUPEROXIDE DISMUTASE-LIKE PROTEIN YO CHAIN: B, A; ENGINEERED: YES; MUTATION: YES MOL_ID: 1; ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; ORGANISM_TAXID: 1423; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: TOP1 SOD, CU-ZN SOD, SOD-LIKE, SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANTS, STRU GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION V.CALDERONE,S.MANGANI,L.BANCI,M.BENVENUTI,I.BERTINI,A.FANTON M.S.VIEZZOLI
Белки из Firmicutes, выполняющие сходную с YojM_BacSu функцию
Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка YojM_BacSu из Bacillus subtilis
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
|---|---|---|
| Cu/Zn Superoxide dismutase-like protein | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & (([swissprot-Description:Superoxide] & [swissprot-Description:dismutase]) | [swissprot-Description:Superoxide dismutase])) | 63 |
| (([swissprot-Description:Superoxide dismutase*] ! [swissprot-Description:fragment]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes]) | 52 | |
| ([swissprot-Description: Cu-Zn Superoxide dismutase*] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes]) | 0 | |
| (((([swissprot-Description:Cu-Zn*] & [swissprot-Description:Superoxide*]) & [swissprot-Description:dismutase*]) | [swissprot-Description:Cu-Zn Superoxide dismutase*]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes]) | 0 |
Полноразмерные последовательности 10 найденных белков в fasta формате - загрузить
Список последовательностей, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм, название белка и длина последовательности - загрузить
Изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot
На "bacil" начинаются названия таксонов:
- bacillaceae
- bacillales
- bacillariaceae
- bacillariales
- bacillariophyceae
- bacillariophycidae
- bacillariophyta
- bacilli
- bacillus
В банке Swissprot 15288 записей, описывающих белки из рода Bacillus.
В банке Swissprot 68204 записи, описывающих белки из отдела Firmicutes.
Записи SwissProt, связанные с научными интересами А.А.Нейфаха
Благодаря запросу [swissprot-Authors:Ney*h*] было найдено правильное написание фамилии Нейфаха Александра Александровича - Neyfakh.
Поэтому итоговый запрос выглядел так:
[swissprot-Authors:Neyfakh*]
Результат представлен в таблице
Согласно полученным данным научный интерес Нейфаха А.А. проявлялся в изучении ядерно-цитоплазматического отношения и регуляции экспрессии генов.