Сбор информации о ферменте P36507

Используя сервер UniProt было определено, что белок P36507:

Расшифровка EC-кода приведена в таблице 1.

Таблица 1. Расшифровка EC-кода 2.7.12.2
EC Номенклатура
2 Трансферазы (Transferase)
2.7 Фосфотрансферазы (Phosphotransferases)
2.7.12 Киназы с двойной специфичностью (Dual-specificity kinases) - действуют на остатки Ser/Thr и Tyr
2.7.12.2 MAP киназа киназа (mitogen-activated protein kinase kinase)

MAPKK 2 катализирует реакцию: ATФ + белок (MAP-киназа) = AДФ + фосфорилированный белок
Схема реакции представлена на рис.1.


Рис.1 Катализируемая MAPKK 2 реакция

Количество ферментов человека с близкими функциями в Swiss-Prot

Соотношение числа белков в Swiss-Prot с EC указано в таблице 2.

Таблица 2. Количество белков в Swiss-Prot c конкретным EC
EC Количество белков
2 95 150
2.7 35 063
2.7.12 133
2.7.12.2 60
Резкое падение числа белков при переходе с ЕС=2.7 на ЕС=2.7.12 связан с тем, что существует всего 2 белка с ЕС=2.7.12.

Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями

С помощью UniProt был получен список всех белков мыши Mus musculus из Swiss-Prot с EC=2. Результатом являются 2 файла: последовательности этих белков и таблица с ID и EC белков. Также выяснено количество белков во всех подклассах трансфераз (см. таблицу 3).

Таблица 3. Количество белков M.musculus в Swiss-Prot c конкретным EC
EC Количество белков
2 1 397
2.7 705
2.7.12 21
2.7.12.2 8

Используя standalone blastp, найдены сходные с P36507 последовательности среди трансфераз мыши: из 1397 белков 446 выравнивается с E-value < 1. Первые 7 хитов можно считать абсолютно достоверными гомологами, т.к. они имеют высокий E-value, а следующий E-value отличается сразу на 12 порядков. Также была сформирована таблица Excel, отражающая, на сколько сохраняется функция в зависимости от позиции находки в выдаче blastp.