Филогенетическое дерево бактерий

Выбор бактерий

Из бактерий отдела Firmicutes были выбраны 8 представителей (указаны в табл.1).

Таблица 1. Бактерии из отдела Firmicutes
Название Мнемоника
Bacillus anthracis BACAN
Bacillus subtilis BACSU
Clostridium tetani CLOTE
Geobacillus kaustophilus GEOKA
Lactobacillus acidophilus LACAC
Listeria monocytogenes LISMO
Staphylococcus epidermidis STAES
Streptococcus pneumoniae STRPN

Построение дерева

Руководствуясь филогенетическим деревом было составлено филогенетическое дерево для выбранных бактерий (представлено на рис.1).


Рис.1 Филогенетическое дерево бактерий из таблицы 1.
Классическое представление филогенетического дерева: (click to expand)

Скобочное представление дерева

Филогенетическое дерево на рис.1 можно представить в виде скобочной формулы:
(CLOTE, ((LACAC, STRPN), ((((BACAN, BACSU), GEOKA), LISMO), STAES)));

Нетривиальные ветви

Филогенетическое дерево на рис.1 имеет следующие нетривиальные ветви как разбиение множества листьев:

  1. {LACAC, STRPN} vs {CLOTE, BACAN, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}
  2. {LACAC, STRPN, CLOTE} vs {BACAN, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}
  3. {LACAC, STRPN, CLOTE, STAES} vs {BACAN, BACSU, GEOKA, LISMO}
  4. {LACAC, STRPN, CLOTE, STAES, LISMO} vs {BACAN, BACSU, GEOKA}
  5. {LACAC, STRPN, CLOTE, STAES, LISMO, GEOKA} vs {BACAN, BACSU}