• Главная
• Семестры

  Семестр I

  Семестр II

  Семестр III

  Семестр IV

  Семестр VII

  Семестр VIII

• Проекты
• О себе
• Заметки
• Ссылки

Укоренение в среднюю точку

Для укоренения было выбрано дерево , построенное методом neighbour-joining с помощью identity (как более правильное из Neighbour Joining). Далее с помощью программы retree пакета PHYLIP это дерево было укоренено в среднюю точку. Полученное дерево представлено на рис. 1.

Рис.1 Переукоренение дерева в среднюю точку

Рис.1A Дерево до переукоренения.

Укоренение произошло в ветвь {LACAC, STRPN} vs {CLOTE, LISMO, STAES, GEOKA, BACSU, BACAN}. Истинный корень лежит на ветви {CLOTE} vs {others}, разделяя классы Bacilli и Clostridia. Таким образом, укоренение произошло не в верную ветвь (см. истинное дерево). Однако теперь, по крайней мере, виды семейства Lactobacillales оказались вместе.

Укоренение нельзя считать правильным.

Использование внешней группы

Т.к. деревья, построенные методом максимальной экономии, нельзя укоренить в среднюю точку, то для этой цели использовалось укоренение с помощью внешней группы.

К набору бактерий из предыдущих пунктов была добавлена E.coli. Последовательности 30S рибосомных белков S2 этих бактерий были выровнены программой muscle на сервере EBI. Полученное выравнивание импортировано в MEGA, и по нему построено филогенетическое дерево методом максимальной экономии, которое было переукоренено в ветвь, ведущую к E.coli. После этого была выбрана клада без Escherichia coli. Результат представлен на рис. 2.

Рис.2 Укоренение дерева с помощью внешней группы

Рис.2A Дерево до переукоренения.

Укоренение произошло в ветвь {CLOTE} vs {LACAC, STRPN, LISMO, BACAN, STAES, BACSU, GEOKA}, что соответствует истинному корню. В данной топологии правильно отделяются Clostridiales и Lactobacillales, а с неправильно определёнными положениями бактерий таксона Bacillales уже ничего сделать нельзя.

Укоренение можно считать правильным.

Бутстрэп

С помощью программы MEGA был реализован бутстрэп-анализ филогении обсуждаемых белков методом максимальной экономии (число реплик выбиралось равным 100). Деревья "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" до укоренения незначительно отличались (менялось положение BACAN), но после удаления E.coli и переукоренения стали совершенно одинаковыми (см. табл. 1)

Таблица 1. Бутсрэп-анализ

Дерево	Original tree	Bootstrap consensus tree
до укоренения
после укоренения

Строгое сравнение веса ветви с её правильностью приведено в таблице 2. Судя по полученным деревьям и таблице, можно уверенно утверждать, что высокая поддержка (≥80) свидетельствует о правильности ветви (и также правильная ветвь имеет высокую поддержку). Ложные же ветви могут иметь как низкую поддержку (<40), так и поддержку свыше 50.

All Rights Reserved © 2012-2016 Popov