Создание поверхностей
Для анализа был взят комплекс пуринового репрессора с ДНК 1QPZ. Данная структура была расширена до димера с помощью команды PyMol: symexp sym, 1qpz, all, 2.5 (см. рис. 1).
Рисунок 1. Комплекс димера пуринового репрессора с ДНК в двух проекциях.
Поверхность контакта мономера с мономером
Для адекватной прорисоки поверхностей необходимо каждое из выделений держать в виде отдельного объекта PyMol
Для выделения контактов мономера белка с симметричным мономером на расстоянии 5Å использовалась команда PyMol: select contact1, /1qpz//A near_to 5 of /sym02000000//A. Полученное выделение представлено в виде поверхности (см. рис. 2).
Рисунок 2. Поверхность контакта мономера со вторым мономером на фоне остовной модели.
Поверхность контакта димера с ДНК
Аналогично были выделены контакты димера белков с двойной спиралью ДНК на расстоянии 5Å с помощью PyMol. Полученное выделение представлено в виде поверхности (см. рис. 3).
Рисунок 3. Поверхность контакта димера с ДНК на фоне остовной модели.
Поверхность контакта ДНК с димером
Также были выделены контакты ДНК с димером белков на расстоянии 5Å с помощью PyMol. Полученное выделение представлено в виде поверхности (см. рис. 4).
Рисунок 4. Поверхность контакта ДНК с димером на фоне проволочной модели ДНК в двух ориентациях.
Создание поверхности с гидрофобными кластерами
С помощью сервиса CluD с порогом расстояния 4.5Å были найдены гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка - RasMol script 
(см. рис. 5).
Рисунок 5. Жёлтым выделены гидрофобные ядра на интерфейсе мономеров белка.
Были выделены контакты мономера белка с симметричным мономером на расстоянии 5Å с помощью PyMol. Полученное выделение представлено в виде поверхности (см. рис. 6).
Рисунок 6. Поверхность контакта мономера со вторым мономером на фоне остовной модели. Жёлтым выделены участки поверхности, входящие в гидрофобные ядра.