Выбор белка

Для анализа был выбран пуриновый репрессор со структурой 1QPZ, использовавшийся для построения поверхностей (см. рис. 1).


Рисунок 1. Комплекс димера пуринового репрессора с ДНК в двух проекциях.

SCOP

SCOP выделяет 2 домена в данной структуре: a.35.1.5 и c.93.1.1

  1. Purine repressor (PurR), N-terminal domain [a.35.1.5] [47439] - расположен в A:2-58
  2. Purine repressor (PurR), C-terminal domain [c.93.1.1] [53835] - расположен в A:59-340

Всё, о чём можно узнать из этой классификации, так это то, что в белке выделяется ДНК-связывающий (N-конец) и цитоплазматический (С-конец) домены.

Pfam

Согласно Pfam в структуре 1QPZ также имеется 2 домена:


  1. LacI (PF00356), A:3-48 - семейство регуляторных бактериальных белков (Bacterial regulatory proteins)
  2. Peripla_BP_3 (PF13377), A:170-331 - домен, похожий на периплазматические связывающие белки (Periplasmic binding protein-like domain). Этот домен не встречается в периплазме и скорее всего связывает лиганды, которым соответствует ДНК-связывающий домен.

Это уже более правдоподобная доменная структура, которая встречается в 7 062 последовательностях.

ECOD

По данным ECOD в структуре 1QPZ имеется 3 домена:

Domain ID PDB Range X Group Name H Group Name T Group Name F Group Name
e1qpzA4 A:2-56 HTH HTH tetra-helical, lambda repressor-like LacI
e1qpzA5 A:58-160 Other Rossmann-like structures with the crossover Periplasmic binding protein-like I Periplasmic binding protein-like I Peripla_BP_1
e1qpzA3 A:160-340 Other Rossmann-like structures with the crossover Periplasmic binding protein-like I Periplasmic binding protein-like I Peripla_BP_3
  1. e1qpzA4 - HTH-домен из 4 спиралей, похожий на λ-репрессоры.

  2. e1qpzA5 - трёхслойный сэндвич, похожий на периплазматические связывающие белки I

  3. e1qpzA3 - трёхслойный сэндвич, похожий на периплазматические связывающие белки I

CATH

По версии CATH в структуре 1QPZ также 3 домена:

Domain ID Date inserted into CATH Superfamily CATH Status
1qpzA01 05 Mar, 2006 1.10.260.40 Assigned
1qpzA02 05 Mar, 2006 3.40.50.2300 Assigned
1qpzA03 05 Mar, 2006 3.40.50.2300 Assigned
  1. 1qpzA01, A:3-59 - похожий на λ-репрессоры ДНК-связывающий домен, транскрипционный репрессор HTH-типа (репрессор синтеза пуринов)
  2. 1qpzA02, A:60-161, A:292-323 - укладка Россмана

  3. 1qpzA03, A:162-291, A:324-340 - укладка Россмана

Стоит отметить, что хоть в этой базе данных, как и в ECOD, выделяется 3 домена, но они выделены по-разному. В CATH элементы вторичной структуры объединены по пространственной близости, из-за чего аминокислотная последовательность оказывается разорвана. А в ECOD первичная структура доменов непрерывна, но зато может быть разнесена в пространстве, как, например, в e1qpzA3.

Выводы

Таким образом, деление на домены структуры 1QPZ оказалось неоднозначной задачей. Единственное, в чём сходятся все базы данных, так это в выделении ДНК-связвающего домена, однако его границы во всех базах данных отличаются.