Скачивание PDB-файла
На языке программирования Python была написана консольная утилита для скачивания PDB-файлов с возможностью сохранить отдельно только указанные цепи. Для выбора отдельных цепей утилита использует Biopython. Например, чтобы скачать структуру 4A7L и отдельно сохранить цепи A, B достаточно ввести команду:
python retrieve_pdb.py -i 4a7l -c ab
Последовательности структур филаментов, определённых электронной микроскопией
С сайта PDB с помощью Advanced Search (Experimental Method: ELECTRON MICROSCOPY) были найдены все белки, структуры которых определены при помощи метода электронной микроскопии. Их последовательности представлены в виде одного fasta-файла.
Сравнение гомологов
В xlsx-файле на соответствующих листах представлены списки структурных гомологов структуры 1XTM:A, найденных програмами jFATCAT и PDBeFold с p-value не больше 0.001. Для выдачи jFATCAT представлены только репрезентативные структуры из кластеров, объединённых по идентичности последовательностей в 40%.
Например, указанная второй в выдаче FATCAT структура 3F7L с p-value 1E-10 в выдаче PDBeFold стоит аж на 359 месте (из 461) с p-value 3E-7.