Сбор информации о ферменте Q8N884
UniProt ID |
Q8N884 |
EC-код |
2.7.7.86 |
EC 2 |
Трансферазы |
EC 2.7 |
Переносящие фосфор-содержащие группы |
EC 2.7.7 |
Нуклеотидилтрансферазы |
EC 2.7.7.86 |
Циклическая АМФ-ГМФ синтаза |
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
В SRS выберем базу данных SWISSPROT(Release).
В поле "Organism" напишем "homo&sapiens", а в поле "Description" - в зависимости от того, что будем искать количество ферментов человека
с тем же:
1. классом - "2.";
2. подклассом - "2.7.";
3. подподклассом - "2.7.7.";
4. всеми четырьмя параметрами - "2.7.7.86".
Результаты поиска приведены в Таблице 2:
Код EC |
Количество записей |
2. |
1486 |
2.7. |
728 |
2.7.7. |
78 |
2.7.7.86 |
1 |
Оценка сохранения функции фермента у белков со сходными последовательностями
Список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым фермента Q8N884(EC 2.7.7.86), получен с помощью SRS. При этом результат сохранён в виде двух файлов: mus.fasta и mus.tab. В первом файле приведены найденные последовательности в .fasta-формате, во втором — таблица с указанием ID и EC каждого найденного белка. Всего был найден 1515 белок, из них 780 совпадает по подклассу, 83 совпадает по подподклассу, вся классификация совпадает у 1 белка.
С помощью программы blastp среди найденных белков можно определить сходные по последовательности с ферментом Q8N884.
При этом в качестве порога по e-value было использовано стандартное значение (10):
makeblastdb -in mus.fasta -dbtype prot -out mus
blastp -query enzyme.fasta -db mus -out homologs2.txt
В результате было найдено 18 белков. Из этого числа находок, по-моему, кроме нашего фермента, ни одна не является достоверной. (результат - homologs2.txt)
В таблице Excel отражено сохранение функции (т.е. тот или иной уровень классификации ферментов EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp.