Поиск осуществлялся по fasta-файлу последовательности белка тРНК-N6-аденозин-карбамоилтрансферазы. В качестве базы данных для поиска была выбрана SwissProt. В качестве алгоритма поиска — BLASTP. Максимальным количеством найденных последовательностей было выставлено 250 штук, порог E-value на находку был выбран в размере 0.05. Матрица выравнивания — BLOSUM62. Штраф за открытие гэпа — 11, за продолжение — 1. Поиск осуществлялся с применением compositional adjustment, дабы избежать ложных находок из-за регионов низкой сложности.
Ссылка на просмотр текстовой выдачи BLAST
Ссылка на скачивание файла Jalview
Был выбран полипротеин POLN_TYMV (P10358) — неструктурный полипротеин репликации вируса желтой мозаики репы. Из него был выбран зрелый белок метилтрансфераза/протеаза/убиквитинилгидролаза, располагающийся с 1 по 879 аминокислоту полипротеина; в дальнейшем были найдены его гомологи. Параметры поиска в BLAST использовались такие же, как и в первом задании.
Ссылка на скачивание FASTA-файла зрелого белка, вырезанного из полипротеина
Ссылка на просмотр текстовой выдачи BLAST
Ссылка на скачивание файла Jalview
С помощью дополнительного запроса в BLAST — запроса с установленным параметром поиска гомологов только по вирусам — была оценена доля вирусных белков в базе данных. Количество находок не поменялось, так как в изначальной выдаче были исключительно вирусные белки.
Оценить долю белков мы можем по одному из гомологов, полученных для этой последовательности. При первом запросе его E-value составило 1e-115, при втором — 3e-114. Эти числа относятся друг к другу как 3,33 к 100, соответственно, количество вирусных записей составляет порядка 3% от всего объема базы данных.