Этот белок является протеазой, секретируемой патогенной бактерией Chlamydia trachomatis. Расщепляя многие белки хозяина, CPAF играет важную роль в патогенезе бактерии.

Ранее здесь рассматривался файл с идентификатором 3DJA, но поскольку в нем отсутствовали некоторые данные, такие как лиганды и связанные молекулы воды, он был заменен на файл идентичного белка с идентификатором 3DPM, обладающим нужными данными. Из-за этого некоторые данные в этом разделе изменены.

На рисунке 1 представлена пространственная структура белка CPAF. Изображение получено с помощью программы Jmol. Идентификатор белка в Protein Data Bank - 3DPM . Исходный файл можно скачать по этой ссылке. Чтобы привести исходный файл к такому же виду, как на рис.1, нужно воспользоваться скриптом. Файл .pdb должен находиться в той же директории, что и программа Jmol, или же следует прописать полный путь к файлу в скрипте.

Скачать программу Jmol можно на официальном сайте Jmol.

Рисунок 1. Пространственная структура белка CPAF. Белок состоит из двух одинаковых цепей, A и B. На рисунке выделены разными цветами α-спирали и β-слои обоих субъединиц. Темно-красным показаны две молекулы лиганда. Связанные с белком молекулы воды показаны синими шариками.

Общая информация о белке

1. Идентификатор PDB: 3DPM
2. Название: хламидиальный протеазоподобный фактор активности (chlamydial protease-like activity factor)
3. Кол-во цепей: 2, с одинаковой последовательностью
4. Обе цепи отвечают белку из предыдущего семестра
5. Ссылка на выравнивание
6. Молекулы, отличные от белка и воды: лактацистин

Информация, полученная из файла белка:

TITLE	CRYSTAL STRUCTURE OF CPAF COMPLEXED WITH LACTACYSTIN
SOURCE	2 ORGANISM_SCIENTIFIC: CHLAMYDIA TRACHOMATIS;
COMPND	MOL_ID: 1;
COMPND	2 MOLECULE: PROTEIN CT_858;
COMPND	3 CHAIN: A, B;
COMPND	4 FRAGMENT: UNP RESIDUES 25-601;
COMPND	5 SYNONYM: CPAF;
COMPND	6 ENGINEERED: YES
HETNAM	LAS N-ACETYL-S-({(2R,3S,4R)-3-HYDROXY-2-[(1S)-1-HYDROXY-2-HETNAM LAS METHYLPROPYL]-4-METHYL-5-OXOPYRROLIDIN-2-YL}CARBONYL)CYSTEINE
FORMUL	3 LAS 2(C15 H24 N2 O7 S)
EXPDTA	X-RAY DIFFRACTION
REMARK	2 RESOLUTION. 2.90 ANGSTROMS.

Перевод на русский:

Название	Кристаллическая структура белка CPAF в комплексе с лактацистином;
Источник белка	Chlamydia trachomatis
Состав	MOL_ID: 1;
Состав	Молекула: белок CT_858;
Состав	Цепи: A, B;
Состав	Фрагмент: UniProt остатки 25-601;
Состав	Альтернативное название: CPAF;
Состав	При синтезе молекулы использовалась рекомбинантные методы
Малые молекулы и ионы	LAS N-ацетил-S-({2R,3S,4R)-3-гидрокси-2-[(1S)-1-гидрокси-2-метилпропил]-4-метил-5-оксопирролидин-2-ил}карбонил)цистеин
Формула	2 молекулы (C15H24N2O7S)
Метод расшифровки	Рентгеноструктурный анализ
Примечание	Разрешение: 2.90 Å

Сравнение с биологической единицей белка

Биологическая единица - это макромолекулярная структура, которая показывает, в какой форме белок выполняет свою функцию (например, гемоглобин состоит из четырех цепей). На рисунке 2 сравниваются биологическая единица и "асимметрическая ячейка" (asymmetric unit) белка CRAF. Видно, что они идентичны.

Рисунок 2. Сравнение биологической единицы и асимметрической ячейки белка CPAF. Слева приведена структура асимметрической ячейки, а справа - биологической единицы. Очевидно, что эти структуры идентичны.