Поиск компонентов ATP-синтазы, закодированной в геноме Chlamydia trachomatis Sweden2.
В этом задании вводилось несколько запросов в базу данных Uniprot в целях создать единый запрос, позволяющий найти все белки, являющиеся субъединицами АТР-синтазы. Запросы и их результаты преставлены в таблице:
| Запрос | Кол-во найденных белков | Комментарии |
| organism:"chlamydia trachomatis sweden2" | 0 | |
| organism:"chlamydia trachomatis" | 70,540 | |
| organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2" | 884 | Полное название штамма: Chlamydia trachomatis serovar E (strain Sweden2) |
| organism:"chlamydia trachomatis sweden2" AND gene:atp | 0 | |
| organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2" AND gene:atp* | 6 | |
| organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2" AND name:"ATP synthase" | 7 | Нашлась также АТФ-синтаза, связанная со жгутиком (Flagellum-specific ATP synthase, ген fliI) и АТФ-синтаза, связанная с системой секреции III типа, изученная в предыдущем семестре , но исчезла "V-type proton ATPase subunit E" |
| organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2" AND (name:"ATP synthase" OR gene:atp*) | 8 | Объединение результатов двух предыдущих запросов |
| organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2" AND (name:"ATP synthase" OR name:"ATPase") | 13 | Нашлись разные другие белки, такие как АВС-транспортеры, "Chromosome partitioning ATPase" и т.д. |
| organism:"chlamydia pneumoniae" AND gene:atp* | 9 | субъединицы АТФ-аз "Chlamydophila pneumoniae" и штамма B21 |
| organism:"chlamydia pneumoniae" NOT organism:"B21" AND gene:atp* | 6 | субъединицы АТФ-азы "Chlamydophila pneumoniae" |
Был взят запрос "organism:"chlamydia trachomatis" and organism:"Sweden2" AND gene:atp*", т.к. он выдал именно субъединицы "стандартной" АТФ-синтазы. Из найденных запросом записей ни одна не была включена в базу Swissprot. Функция четырех белков была выведена из гомологии, а других двух - предсказана. Гены находятся в близких локусах (от 3061 до 3121).
Поиск в геноме родственного вида
Проводился поиск по тому же запросу в геноме бактерии Chlamydia pneumoniae. При запросе "organism:"chlamydia pneumoniae" AND gene:atp*" результаты включали АТФ-азы двух организмов: названного "Chlamydophila pneumoniae" и штамма B21. Судя по абзацу "Reference" в записях белков, "Chlamydophila pneumoniae" относится к сборному протеому из разных штаммов. Чтобы убрать повторяющиеся белки, запрос был скорректирован как "organism:"chlamydia pneumoniae" NOT organism:"B21" AND gene:atp*".
Нашлось 6 результатов, из них 5 проверено экспертами и внесено в базу SwissProt. Функция всех проверенных экспертами белков выведена из гомологии, а у непроверенного - предсказана. Даются разные названия локусов, видимо потому что белки взяты из разных штаммов, но если взять один, например CPn_****, видно, что они колокализованы (от 0086 до 0092).
Поиск гомологов субъединицы B АТР-синтазы
Для субъединицы B был произведен поиск гомологов с помощью BLAST. Были выбраны 10 гомологичных белков с идентичностью последовательности не менее 80%. Все эти белки принадлежали видам рода Chlamydia.
Протеом бактерии Chlamydia trachomatis Sweden2
По запросу "organism:"chlamydia trachomatis" AND organism:"Sweden2"" были найдены все хранящиеся в базе белки этого штамма. Таблицу, содержащую все найденные белки, можно найти по ссылке: Proteome.xlsx. Всего нашлось 884 результата, из них только 2 из базы Swissprot. Также была составлена диаграмма, показывающая значения Protein evidence:
Как видно, ни один белок штамма не был подтвержден на уровне существования белка (evidence on protein level) или соответствующей мРНК (evidence on transcript level). С такими низкими параметрами аннотированности экспертами и отсутствием практических доказательств существования белков, ясно, что протеом бактерии слабо изучен.