Код доступа
На сайте Uniprot есть раздел ID Mapping, позволяющий перекодировать коды доступа из другой базы данных в характерные для Uniprot. В базе RefSeq мой белок обозначен как YP_005816496, в Uniprot - как D3UTE4_CHLTS (D3UTE4 - код белка, CHLTS - идентификатор организма, в данном случае Chlamydia trachomatis).
Сравнение описания моего белка и двух ортологов.
По запросу (taxonomy:chlamydia NOT organism:"chlamydia trachomatis" AND name:serine and (name: protease or name:peptidase)) найденные белки были, видимо, скорее гомологами, чем ортологами. Несколько из этих белков были выровняны с данным через BLAST, и сходимость хоть и была, но она была плохой (10-30% Query cover). Поэтому, пользуясь знанием, что CPAF принадлежит к семье белков S41, поиск проводился по запросу (taxonomy:810 NOT organism:"chlamydia trachomatis" AND name:s41) AND keyword:181. По запросу нашлось 23 последовательности из полных протеомов. К сожалению, среди них не было ни одного из базы SwissProt. Были взяты белки U3P3J5_9CHLA из Chlamydia pecorum PV3056/3 и J9XFX3_CHLPS из Chlamydia psittaci WC.
Информация из записей трех ортологов, а также дополнительные сведения о белке CPAF приведены в таблице Excel. CPAF высоко консервативен среди бактерий рода Chlamydia, поэтому информация о CPAF из Chlamydia trachomatis подойдет и для его ортологов из других видов.
Ссылка на таблицу Excel: Uniprot.xls
|
|
Метка поля |
Содержание |
||
|
CPAF (мой белок) |
Для ортолога 1 |
Для ортолога 2 |
||
|
Идентификатор записи |
ID |
D3UTE4_CHLTS |
U3P3J5_9CHLA |
J9XFX3_CHLPS |
|
Код доступа первый ("Accession number") |
AC |
D3UTE4 |
U3P3J5 |
J9XFX3 |
|
Код(ы) доступа остальные) AC |
AC |
- |
- |
- |
|
Дата создания документа |
DT |
20-APR-2010 |
11-DEC-2013 |
28-NOV-2012 |
|
Дата последнего исправления аннотации |
DT |
16-APR-2014 |
16-APR-2014 |
16-APR-2014 |
|
Название (краткое описание) белка |
DE |
Putative exported protease |
Peptidase family S41 domain-containing protein |
Peptidase S41 family protein |
|
Название организма |
OS |
Chlamydia trachomatis serovar E (strain Sweden2) |
Chlamydia pecorum PV3056/3 |
Chlamydia psittaci WC |
|
Таксономия |
OC |
Bacteria; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia/Chlamydophila group; Chlamydia. |
Bacteria; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia/Chlamydophila group; Chlamydia. |
Bacteria; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia/Chlamydophila group; Chlamydia. |
|
Название гена и синонимы |
GN |
cpa, локус SW2_8741 |
CPE1_0714 |
B603_0801 |
|
Номер публикации (брать только 1ю) |
RN |
[1] |
[1] |
[1] |
|
Автор(-ы) публикации |
RA |
Unemo M., Seth-Smith H.M., Cutcliffe L.T., Skilton R.J., Barlow D., Goulding D., Persson K., Harris S.R., Kelly A., Bjartling C., Fredlund H., Olcen P., Thomson N.R., Clarke I.N.; |
Sait M., Longbottom D. |
Van Lent S., Piet J.R., Beeckman D., van der Ende A., Van Nieuwerburgh F., Bavoil P., Myers G., Vanrompay D., Pannekoek Y. |
|
Название публикации |
RT |
The Swedish new variant of Chlamydia trachomatis: Genome sequence,
|
Genome sequencing and comparative analysis of three Chlamydia pecorum strains associated with different pathogenic outcomes." |
Full Genome Sequences of All Nine Chlamydia psittaci Genotype
|
|
Журнал |
RL |
Microbiology 156:1394-1404(2010) |
Submitted (JAN-2013) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases |
J. Bacteriol. 194:6930-6931(2012) |
|
Чем обосновано существование белка |
PE |
Predicted |
Predicted |
Predicted |
|
Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB |
DR |
- |
- |
- |
Некоторая дополнительная информация о белке CPAF:
- Локализация и функция белка: Белок локализован не в бактерии, а экпортируется в цитозоль клетки-хозяина, деградируя защитные белки хозяина.
- Какие участки белка участвуют в связывании лиганда? Какого? Лактацистин - один из немногих ингибиторов, которые могут снизить протеолитическую активность CPAF при связывании. Он связывается, вероятно, в области активного сайта, главную роль в связывании играет ковалентная связь с Ser499.
- Предложите мутацию, которая, на Ваш взгляд, сильно повлияет на активность белка. В активный сайт CPAF, как и всех сериновых протеаз, входят 4 аминокислотных остатка, среди них серин и гистидин. В данном случае это Ser499 и His105. Ser служит нуклеофилом, а гистидин оттягивает водород с серина, повышая нуклеофильность. При их замене, например, на аланин активность белка, скорее всего, исчезнет.