Структура ДНК | Учебный сайт Холиной Татьяны

На этой неделе мы работали с различными формами нуклеиновых кислот, используя пакет программ 3DNA и Jmol.

Задание 1.

С помощью программы fiber пакета 3DNA, я построила 3 формы ДНК - A, B и Z. В A и B формах использовалась 5 раз повторенная последовательность "GCAT", для Z-формы - только GT (10 повторов). Файлы с результатами: gcat-a.pdb gcat-b.pdb gcat-z.pdb

Рис.1. A-форма ДНК. Вид с торца

Рис.2. B-форма ДНК

Рис.3. Z-форма ДНК

Задание 2.

Упр.1

С помощью Jmol были получены изображения А-формы ДНК:

Сахарофосфатный остов выделен фиолетовым (фосфаты) и зеленым (сахара) цветом, основания покрашены каждый в свой цвет. Скрипт для такого изображения:
```
cartoons off
select all
wireframe
cpk 40
define phs (*.O1P or *.O2P or *.P or *.O5' or *.O3')
select phs
color purple
define sugar (*.C?' or *.O4')
color limegreen
select [T] and not (sugar or phs)
color gold
select [A] and not (sugar or phs)
color darkred
select [G] and not (sugar or phs)
color cyan
select [C] and not (sugar or phs)
color redorange
				
```
Рис.4. А-ДНК. Фосфаты выделены фиолетовым, сахара зеленым, тимин желтым, аденин красным, цитозин оранжевым, и гуанин голубым.
Все нуклеотиды выделены - это значит, что выделена вся ДНК, т.к. она и состоит из нуклеотидов.
Выделены все аденины

Рис.5. А-ДНК. Все аденины выделены оранжевым, остальные основания - белым.
Выделен атом N7 во всех гуанинах

Рис.6. А-ДНК. N7 атомы в гуанинах показаны в cpk и выделены голубым.

Выделен атом N7 в первом гуанине последовательности.

Рис.7. А-ДНК. N7 атомы в первом гуанине показан в cpk и выделены красным, остальные N7 в гуанинах - голубым.

Упр.2

Каждый получал свои структуры ДНК-белкового комплекса и тРНК и скачивал их pdb-файлы с сайта PDB. PDB-коды моих структур - 1h3e для тРНК и 1pp7 для ДНК.

Упр.3

Надо было проверить обе структуры на разрывы цепей. У меня было 2 разрыва в тРНК. Файлы, содержащие только тРНК и ДНК: тРНК, ДНК

Рис.8. тРНК 1H3E

Рис.9. Первый разрыв в 1H3E

Рис.10. Второй разрыв в 1H3E

Рис.11. ДНК из ДНК-белкового комплекса 1PP7