Задание 1.
С помощью программы MEME были найдены мотивы сайтов связывания регуляторного белка PurR в выданных промоторных областях E.coli. Результаты приведены в этом файле: pr9_memes.odt .
В задании дан набор промоторных областей генов E.coli ([x]) и список экспериментально установленных сайтов связывания белка PurR ([x]). MEME запускалась с параметрами Number of motifs: 1, Minimum motif width: 16, Maximum motif width: 16. Синим выделены известные экспериментально подтвержденные сайты связывания PurR, жирным - сайты, найденные MEME с параметром 'One occurrence per sequence' (один мотив а последовательность), курсивом - с параметром 'Zero or one occurrence per sequence' (один или ноль мотивов на последовательность).
Анализ:Большинство сайтов программа определила точно, хотя они и были сдвинуты на 1-2 нуклеотида. Исключением является purA, где сайт был найден в совершенно другом месте чем есть на самом деле. При этом P-value для него не самое высокое: 3.68e-06. При параметрах для мотива 'One occurrence per sequence' и 'Zero or one occurrence per sequence' программа находила почти одинаковые сайты, но почему-то опять же сдвинутые относительно друг друга на 1-3 нуклеотида. При 'Zero or one occurrence per sequence' были отфильтрованы 4 мотива с худшим P-value (>1*10-05).
