Вторичная структура

В этом практикуме я работала с белком рибонуклеазой Т1 (id 3URP) из предыдущего практикума. В этом белке, по данным PDB, содержится 1 альфа-спираль и 7 бета-листов. В том белке я определяла разметку вторичных структур алгоритмами DSSP и Stride. PDB-файл был подан на вход алгоритмам:

mkdssp -i 3urp.pdb -o 3urp_dssp.txt

Результат: 3urp_dssp.txt

stride -o 3urp.pdb > 3urp_stride.txt

Здесь -o: Report secondary structure summary Only. Результат: 3urp_stride.txt

Сравнение вторичной структуры, размеченной DSSP и Stride, и записанной в файле PDB:

	Элемент	PDB		DSSP		Stride
		Начало	Конец	Начало	Конец	Начало	Конец
1	спираль	12	30	13	29	13	29
2	лист	4	6	4	6	4	6
3	лист	9	11	9	11	9	11
4	лист	40	42	40	42	40	42
5	лист	56	60	56	60	56	60
6	лист	76	81	76	81	76	81
7	лист	86	91	86	91	85	91
8	лист	101	102	101	102	101	102

Как видно, элементы вторичной структуры размечены практически идентично. Формат выдачи DSSP гораздо менее интуитивный, чем у Stride- мне пришлось искать информацию о выдаче, чтобы понять обозначения.