Белок 1EUC я подала на вход программе Clud. Сначала я получила RasMol-скрипт, запустив ее со стандартными параметрами. Программа нашла два кластера, причем один расположен в С-концевых доменах цепей А и В(рис.1, темно-серый), а второй - в N-концевых доменах цепей А и В (рис.1., светло-серый) (см. практикум 12).

Рис.1. Гидрофобные и гидрофильные участки в белке 1EUC. Синий и голубой - гидрофильные участки цепи В, красный и оранжевый - цепи А, темно- и светло-серый - гирофобные кластеры. Синий - C-концевой домен цепи В, голубой - N-концевой домен цепи В; красный - С-концевой домен цепи А, оранжевый - N-концевой домен цепи А. Изображение получено в RasMol.

Повышение параметра размера кластера до 4 или 5 не дало никаких изменений; уменьшение порога расстояния значительно уменьшает количество найденных гидрофобных остатков.