В этом практикуме продолжается работа с белком лепнином (идентификатор PDB 1AX8). С сайта PDB был загружен файл структурных факторов (формат .cif). В файле приведена информация об эксперименте и кристаллической ячейке, в том числе размеры (a=88.14, b=88.14, c=48.05) и углы (α=90, β=90, γ=120). Дальше идет перечень измерений, где одна строка - один измеренный структурный фактор.
Колонка _refln.status - использован ли структурный фактор для оптимизации модели, _refln.F_meas_au - среднее значение измерений структурных факторов, _refln.F_meas_sigma_au - среднее кваратичное отклонение от среднего. Измерение структурного фактора считается хорошим, если его среднее значение превосходит его среднее квадратичное отклонение более чем в 3 раза.
- В таблицу добавлена колонка "signal_power", равная _refln.F_meas_au/_refln.F_meas_sigma_au. Процент "хороших" факторов составил 93.7% (7731 из 8252).
Тройка структурных факторов h,k,l пропущена, если ее нет среди измеренных структурных факторов, но есть измеренный структурный фактор (h',k',l'): h'≥h, k'≥k, l'≥l. Например, данная таблица начинается так:
h k l 0 0 8 0 0 10
Здесь пропущена тройка (0,0,9). Примеры других троек: (-5,8,0),(-1,8,4), (-3,9,1), (-2,9,18).
Для удобства работы файл был превращен в таблицу excel. Зеленые колонки - то, что было, красные - добавленные, оранжевым отмечены некоторые пропущенные тройки.