Пробные выравнивание

Определение положения фрагмента в последовательности моего белка(ClpB_EColi)

Фрагмент последовательности: IMTSNLGSDLIQERFGELDY

После использования программы GeneDoc(ручное выравнивание) обнаружилось, что заданный фрагмент соответствует позициям 716–734 в полной последовательности белка ClpB_Ecoli.

Картинка выравнивания:

Теперь попытаемся выравнить два предложенных фрагмента:

>seq1
IMTSNLGSDLIQERFGELDY
>seq2
IMTSNIGSQVLLENVKETGE

Технические характеристики выравнивания:
• исходные длины 2-х заданных фрагментов: 20 & 20
• длина выравнивания: 23
• Вес выравнивания: W = M – nG=10-1*2=8
• процент идентичности двух выровненных последовательностей: 43%

Картинка выравнивания:

Первая "близкородственная" замена а.о. с N-конца выравнивания.

• № первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о -- 6
• полные названия и однобуквенные обозначения поменявшихся а.о -- Лейцин-Изолейцин/L-I
• вес такой замены --2
• Leu-Ile относятся к алифатическим аминокислотам и обладают неполярными (гидрофобными) боковыми цепями.