Проекты за время учебы

• Бактерия Clostridium acetobutylicum

  • Описание бактерии Clostridium acetobutylicum, ее генома и протеома

• Описание белка CLPB_ECOLI:

  • Описание кодирующего гена
  • Состав записи 1JBK банка PDB
  • Контакты Mg²⁺ с белком "ClpB protein" по данным записи 1jbk
  • Элемент вторичной структуры белка "ClpB protein"
  • Торсионные углы

• Банки данных

  • Изучение записи банка последовательностей белков UniProt
  • Работа с поисковой системой SRS
  • Работа с системой PubMed
  • Зачетная работа

• Парное выравнивание и поиск по сходству

• Пробные выравнивания
• Парные выравнивания аминокислотных последовательностей
• BLASTP. Поиск гипотетических гомологов

• Множественное выравнивание

  • Биологический смысл выравнивания
  • Множественное выравнивание последовательностей
  • Паттерны и профили
  • PSI-BLAST

• Знакомство с химическим строением и структурой нуклеиновых кислот

  • "Исследование структуры тРНК"
  • "Исследование ДНК-белкового комплекса"

• Последовательности нуклеиновых кислот

  • Банк нуклеотидных последовательностей EMBL
  • Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями
  • Программы пакета BLAST. Продолжение.
  • Занятие 10 (зачётное).

• Cигналы в нуклеотидных последовательностях

  • Cигналы в нуклеотидных последовательностях

• Филогенетические деревья

  • Работа с филогенетическим деревом нескольких бактерий

• Функции

  • Pfam
  • Gene ontology
  • Ферменты и метаболические пути
  • Мембранные белки

•  

  • Поиск белка с заданной функциональной специфичностью

• Структурная биоинформатика

  • Знакомство с PyMol
  • Программы DSSP и HBplus
  • Электронная плотность
  • Кристаллографическая симметрия
  • Характеристики PDB-файла; биологические единицы
  • Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO
  • Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены
  • Пространственное выравнивание и совмещение
  • SCOP и CATH

• Молекулярное моделирование биополимеров

  • Освоение возможностей PyMol как пакета для моделирования
  • Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
  • Abinitio вычисления для нафталина и азулена
  • Вычисление параметров для молекулярной механики
  • Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
  • Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
  • Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS (Моделирование с использованием суперкомпьютера Skif-MGU плавления алфа-спирального пептида в формамиде)
  • Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
  • Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

• Молекулярное моделирование биополимеров

  • Освоение возможностей PyMol как пакета для моделирования