|
Банк нуклеотидных последовательностей EMBL
Некоторые сведения, полученные при помощи системы SRS (http://srs.ebi.ac.uk/)
- Дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL: 07-Sep-2009
Количество записей в EMBL: 108577013
- Список классов банка EMBL
- ANN: Constructed sequence with annotation
- CON: Constructed sequence
- EST: Expressed Sequence Tag
- GRV: Genome Reviews
- GSS: Genome Survey Sequence
- HTC: High Throughput cDNA sequencing
- HTG: High Throughput Genome sequencing
- MGA: Mass Genome Annotation
- PAT: Patent
- SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
- STD: Standard
- STS: Sequence Tagged Site
- TPA: Third Party Annotation
- TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
- WGS: Whole Genome Shotgun
Проиндексированы записи следующих классов:
- EST: 62846990
- GSS: 25905073
- HTC: 549753
- HTG: 142473
- PAT: 10439165
- STD: 7253026
- STS: 1310171
- TPA: 6520
- TSA: 123842
Не проиндексированы записи:
- ANN: Constructed sequence with annotation
- CON: Constructed sequence
- GRV: Genome Reviews
- MGA: Mass Genome Annotation
- SET: Project set
- WGS: Whole Genome Shotgun
- Список разделов банка EMBL:
|
Обозначение
|
Описание
|
Число записей
|
|
по-английски
|
по-русски
|
| ENV
| Environmental Samples
| Образцы из окружающей среды
| 4145029
|
| FUN
| Fungi
| Грибы
| 3942084
|
| HUM
| Human
| Человек
| 12841544
|
| INV
| Invertebrates
| Беспозвоночные
| 15518735
|
| MAM
| Other Mammals
| Другие млекопитающие
| 9429823
|
| MUS
| Mus musculus
| Домовая мышь
| 7424621
|
| PHG
| Bacteriophage
| Бактериофаги
| 5865
|
| PLN
| Plants
| Растения
| 33806044
|
| PRO
| Prokaryotes
| Прокариоты
| 909986
|
| ROD
| Rodents
| Грызуны
| 2261678
|
| SYN
| Synthetic
| Синтетические
| 2671622
|
| TGN
| Transgenic
| Трансгенные
| 265465
|
| UNC
| Unclassified
| Неклассифицированные
| 3945859
|
| VRL
| Viruses
| Вирусы
| 827405
|
| VRT
| Other Vertebrates
| Другие позвоночные
| 10581253
|
Информация о гене FB19 из записи BA000025:
направление гена относительно направления,
выбранного для записи | прямое |
| число кодирующих участков | 18 |
| длины первого кодирующего участка | 107 |
| длина последнего кодирующего участка | 110 |
| длина первого интрона между кодирующими участками | 674 |
| длина последнего интрона между кодирующими участками | 277 |
Поиск белка по кодирующему участку
При помощи программы seqret был вырезан участок, это 1337941..1338187, в файл big_exon_fb19.fasta.
Чтобы найти в Swiss-Prot соответствующий белок, я выбрал программу BLASTX. На вход программе я дал вырезанный участок и прогнал по базе Swiss-Prot.
На выходе программа выдала около 6 белков с E < * e-15. Последний, sp|Q96QC0.1|PP1RA_HUMAN,
это и есть описаный FB19 в записи BA000025.
Характеристика записей EMBL, на которые ссылается запись P63284 банка SwissProt
|
Идентификатор записи EMBL
|
Тип молекулы
|
Класс данных
|
Раздел EMBL
|
Дата создания
документа |
Описание
|
Длина
|
| M29364 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
01-FEB-1991 |
Escherichia coli ATP-dependent protease binding subunit gene, complete cds |
4240 |
| U00096 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
23-FEB-2006 |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome. |
4639675 |
| AP009048 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
22-JAN-2006 |
Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome. |
4646332 |
| X57620 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
08-AUG-1991 |
E.coli ClpB gene for an analogue of ATP-dependent protease regulatory
subunit |
3503 |
| V00350 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
03-NOV-1982 |
Start of the E. coli gene for 16S rRNA. Also contains part of unknown
reading frame. |
1436 |
| U50134 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
27-MAR-1996 |
Escherichia coli ftsH suppressor protein (sfhB) gene and (yfiH) gene,
complete cds, and clpB gene, partial cds. |
2193 |
|