Работа с программой getorf пакета EMBOSS
Необходимо запустить программу getorf так, чтобы получить
набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности (из файла с записью D89965 банка EMBL)
длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность
триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном,
при использовании бактериального кода.
Командная строка: getorf -minsize 30 -find 1 -table 11 -sequence d89965.fasta -outseq d89965.orf
Файлы: d89965.entret, d89965.orf
Для определения, какая из найденных открытых рамок соответствует приведённой в записи
CDS будем использовать tblastn, а для определения, какая из рамок соответствует записи Swiss-Prot,
на которую ссылается данная запись EMBL – blastp из пакета BLAST.
Из результатов работы tblastn (d8_orfs.txt) видно, что 5 рамка соответствует приведённой в записи CDS,
а из – blastp (hslv_d8.txt) – 13 рамка соответствует записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL.