|
Занятие 10 (зачётное)
Дано: неаннотированный фрагмент генома бактерии Regiella insecticola
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (кишечной палочки).
Был получен фрагмент генома Regiella insecticola из заданной записи EMBL с заданным началом (35001),
длиной 7000 нуклеотидов. Было определено, где в этом фрагменте закодированы белки, похожие на
известные белки бактерии Escherichia coli штамма K12.
Скачать файл Excel, включающий информацию обо всех открытых рамках
считывания в фрагменте генома(35001-42000) Regiella insecticola.
Таблица 1. Открытые рамки считывания, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность
белков из E. coli.
| AC рамки |
начало |
конец |
направление |
число сходных последовательностей
в протеоме E. coli K 12 |
идентификатор самого близкого из найденных белков |
E-value находки |
| AC192956_1 |
1 |
336 |
прямое |
1 |
SYP_ECOLI |
6e-31 |
| AC192956_2 |
278 |
1297 |
прямое |
4 |
TALB_ECOLI |
4e-150 |
| AC192956_3 |
1432 |
2427 |
прямое |
5 |
SYK3_ECOLI |
5e-126 |
| AC192956_6 |
6484 |
6999 |
прямое |
2 |
INSH5_ECOLI |
5e-40 |
| AC192956_8 |
5963 |
5511 |
обратное |
1 |
CODB_ECOLI |
4e-04 |
Схема. Гипотетические гены в фрагменте 35001-42000 записи AC192956,
для которых нашлись сходные последовательности в E. coli.
-[-> TALB_ECOLI,278..1297]---
5'-[-> SYP_ECOLI,1..336]-------------[-> SYK3_ECOLI,1432..2427]----------------------------[-> INSH5_ECOLI,6484..6999]-3'
3'--------------------------------------------------------------[<- CODB_ECOLI,5963..5511]-----------------------------5'
Схема. Взаимное расположение генов в геноме E. coli,
гомологичных предполагаемым генам фрагмента из R. insecticola.
Таблица 2. Соответствие белков, генов и координат.
| protein |
gene |
CDS |
| SYP_ECOLI |
proS |
complement(217057..218775) |
| TALB_ECOLI |
tktB |
2577656..2579659 |
| SYK3_ECOLI |
yjeA |
4380191..4381198 |
| INSH5_ECOLI |
insH5 |
1428462..1431442* |
| CODB_ECOLI |
codB |
354146..355405 |
5'---------------------------------[-> CODB_ECOLI, 354146..355405]-----------------[-> INSH5_ECOLI, 1428462..1431442]-
3'-[<- SYP_ECOLI, 217057..218775]-------------------------------------------------------------------------------------
----[-> TALB_ECOLI, 2577656..2579659]----------------------[-> SYK3_ECOLI, 4380191..4381198]-3'
---------------------------------------------------------------------------------------------5'
Вывод:
Как видно из схем расположения генов, гены в R. Insecticola расположены относительно
близко друг
к другу, причем два из них перекрываются, что связано, вероятно, с ошибками при секвенировании,
а гены в E. Coli расположены достаточно далеко друг от друга. Возможно, можно предположить,
что организмы хоть и имеют гомологичные белки, но все же являются отдаленными родственниками,
так как видно, что гомологичные участки достаточно отличаются в расположении в геномах двух бактерий.
Скорей всего, это связано с миграцией генов, вставлением различных плазмид или с другими эволюционными процессами.
На самом деле, это не является достаточным условием.
В данном случае можно говорить лишь о возможной не консервативности данного участка.
|