Мембранные белки, транспортные белки

Построение выравнивания заданного белка и белка-прототипа с разметкой трансмембранных сегментов

• Сравнение нумерации остатков белка-прототипа CXB2_HUMAN в UniProt и PDB
  
  При помощи БД PDBsum получил выравнивание последовательности из UniProt (ID - CXB2_HUMAN) и последовательности из PDB (2ZW3).
  MSF формат выравнивания
  Нумерация совпадает но в PDB указана не вся последовательность.
  
• Построение полного глобального выравнивания заданного белка CXB6_CHICK и белка-прототипа CXB2_HUMAN
  Далее я получил последовательности обоих белков и выравнил при помощи needle.

  
  
   Length: 263
   Identity:     187/263 (71.1%)
   Similarity:   205/263 (77.9%)
   Gaps:          37/263 (14.1%)
   Score: 1032.0
  
  
  

  Выравнивание было импортировано в GeneDoc и сохранено в файле ch.msf
• Разметка трансмембранных сегментов в белке-прототипе CXB2_HUMAN по данным БД OPM
  Добавим в созданное в предыдущем пункте выравнивание строчку с разметкой трансмембранных сегментов. Назовем эту строчку "OPM". Измененное выравнивание сохранено в файле mark.msf
• Предсказание топологии заданного белка CXB6_CHICK с помощью программы TMHMM
  Предскажем топологию белка CXB2_HUMAN с помощью сервера TMHMM. На вход подадим ему файл cxb6_chick.fasta с последовательностью белка в формате FASTA.
  Страничка с результатами.
  Полученное предсказание добавим к выравниванию файла mark.msf в виде искусственной последовательности с разметкой трансмембранных спиралей под названием "TMHMM". Полученное выравнивание сохранено в форматах msf в файлe mark_t.msf.

Сравнение полученного предсказания с данными OPM

По данным таблицы предсказание получилось специфичным (т.е. было предсказано крайне мало трансмембранных остатков там, где не нужно, по отношению к общему количеству немембранных остатков) и точным (т.е. среди всех предсказанных трансмембранных остатков было крайне мало предсказанных остатков, не являющимися трансмембранными).