Поиск белка с заданной функциональной специфичностью

Первый этап. Описание функциональных особенностей заданной группы.

В качестве белка-прототипа мне задан белок B5Y088_KLEP3 (репрессор сахарозного оперона).
Данных об эффекторе на странице UniProt нет. Это ДНК-зависимый транскрипционный фактор, отвечающий на фруктозу (описание по терминам GO, указанным в UniProt).

Второй этап. Создание множественного выравнивания доменов с разметкой по группам специфичности.

• Создание хорошего множественного выравнивания доменов заданной группы белков.
  

  Выравнивание рекомендовано строить по данным БД SMART, а не PFAM, т. к. в Pfam кроме нужного домена HTH_LACI (LacI в Pfam) аннотирован домен Peripla_BP_1:
  

  Файл с представительским выравниванием SMART.
  Файл с последовательностями всех доменов HTH_LACI.
  Файл с выравниванием _**_.
• Создать единое множественное выравнивание ДНК-связывающего домена всех групп специфичности.
  Группа специфичности: scrr;
  ДНК-связывающий домен
  
  Для поиска данного белка в протеоме Pantoea ananatis LMG 20103, как и в предущем задании, был создан профиль ДНК-связывающего домена, для этого получили все последовательности ДНК-связывающих доменов семейства LACI. На главной страничке БД SMART проведел поиск по имени домена, HTH_LACI. При помощи программы ClustalW2 были выравниванены последовательности scrr ДНК-связывающих доменов под профиль представительского выравнивания SMART.fasta. Получаем выравнивание доменов заданной группы специфичности spec_scrr.fasta, SCRR (катаболизм сахарозы).
  
  Выравнивания последовательностей ДНК-связывающих доменов других групп специфичности.
  Провели множественное выравнивание. Группы специфичности были раскрашены по цветам, а консервативные позиции отмечены черным.
  _**_

  Группа специфичности scrr первая и раскрашена малиновым цветом.

• Создайте лого-изображения полного выравнивания заданных доменов и выравнивания доменов заданной группы специфичности.
  Использован ресурс WebLogo
  logo для всех днк-связывающих доменов.
  

Третий этап. Построение профиля для группы scrr и поиск по нему в протеоме Pantoea ananatis LMG 20103

• Создание и нормирование профиля.
  К выравниванию ДНК-связывающих доменов семейства scrr с помощью программы pfw были добавлены веса.
  pfw -m scrr.fasta > scrr.ali
  Далее строится профиль по выравниванию:
  pfmake -m scrr.ali /usr/share/pftools23/blosum45.cmp > scrr_profile.prf
  Нормирование профиля относительно случайной базы:
  autoscale -m scrr_profile.prf > scrr_profile_sc.prf
• Поиск по профилю в протеоме Pantoea ananatis LMG 20103.
  

  Производим поиск по профилю в протеоме Pantoea ananatis LMG 20103
  Команда для поиска:
  pfsearch -C X -f scrr_profile_sc.prf Pantoea.fasta > outprof.info
  
  Файл с последовательностями, найденными при пороге 10.0.
  
  Файл с выравниванием формате msf найденных последовательностей по созданному ранее выравниванию доменов семейства scrr.

  
  IMG.

  Как видно из картинки, в протеоме имеются белки со специфичными позициями, все это может говорить о том, что они могут принадлежать группе специфичности SCCR.