PSI-BLAST

• Попытаюсь для 3 аминокислотных последовательностей: P18196, P0A832, P0A780 и моего белка (P63284) провести итеративный поиск по банку Swiss-Prot программой PSI-BLAST.
  Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Результаты итеративного поиска по банку Swiss-Prot программой PSI-BLAST

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0.004	0.005	239	0.003	0.007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3e-10	5.0	449	8e-31	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0.003	0.008	388	2e-12	0.031
CLPB_ECOLI	P63284	5	259	0.005	0.005	2334	0.005	0.006

Все итерации PSI-BLAST за исключением 1(MINC_ECOLI ) сошлись после 5 повторений. От итерации к итерации в каждом из случаев E-value у худшей находки выше порога уменьшалась, а лучшей – ниже порога – увеличивалась за искл. второго белка и моего белка для которого не нашлось записи ниже порога. Критерием сходимости было отсутвие при выдаче надписи "new" перед белком.

• Изменив порог с 0.005 на 0.001 для первой последовательности, итерации сошлись со второго раза для MINC_ECOLI (AC P18196). Это объясняется тем, что в список белков для составления матрицы не попадают не родственные белки, которые бы “портили” матрицу. Поэтому лучше ставить порог в 0.001, т.к. при котором могут находится более родственные белки.