RanHummer personal web-site

Hibiscus latent Singapore virus

Латентный Сингапурский вирус гибискуса, далее - HLSV.

NCBI index: NC_008310
RefSeq: AF395898

Относится к РНК-вирусам (одноцепочечная молекула), геном составляет 6474 п.н.

Систематика:

Regnum: Viruses
Group: ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage
Family: Virgaviridae
Genus: Tobamovirus

Карта генома HLSV

В геноме кодируется 4 белка в 4 генах (Табл.1).

Таблица 1. Описание белков из генов HLSV
Локус	Индекс белка	Название белка	Участок генома	Длина	Масса	Назначение
HLSV_gp1	YP_719997.1	RNA-dependent RNA polymerase	59..4975; исключение: 3458..3460, aa: Gln	4914 bp, 1638 aa	185 kDa	репликация вируса
HLSV_gp2	YP_719998.1	replicase	59..3460	3402 bp, 1134 aa	128 kDa	метилтрансфераза, геликаза
HLSV_gp3	YP_719999.1	movement protein	4965..5813	849 bp, 283 aa	-	перемещение от клетки к клетке
HLSV_gp4	YP_720000.1	coat protein	5800..6291	492 bp, 164 aa	-	инкапсуляция

На карте генома (Рис.1) заметно, что два наибольших гена расположены на одном и том же участке, а также есть перекрывания 1-го с 3-м и 3-го с 4-м, что позволяет сэкономить много места:

Рисунок 1. Карта генома HLSV. Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI.

Рассмотрим поподробнее место конца перекрывания HLSV_gp1 и HLSV_gp2, представленное на Рис.2. Два функционально различных белка начнаются в одном и том же месте, но имеют разную длину.

Рисунок 2. Перекрывание генов в геноме HLSV. Показан фрагмент 3442..3471. Каждый кодирующий триплет подписан аминок-той, белок (красные полосы) - индексом.

Возникает вопрос: каким именно образом отсечение части белка позволяет изменить его функции?