RanHummer personal web-site

Предсказание генов прокариот

Аннотация последовательности, сравнение с аннотацией генов в GenBank

Для выполнения задания был выбран геном фага Aeromonas phage pAh6-C.
Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Myoviridae; unclassified Myoviridae.

• Число генов в Genbank - 86
• Число генов в RAST - 85
• Число одинаково аннотированных генов - 74
• Число генов с одинаковым стоп-кодоном, но разным старт-кодонами - 10
• Число генов аннотированых только RAST - 0

 Разность аннотаций 1. Нет описания от GenBank.
  
             genbank    hypotetical protein AH6C_70 41418   41876   152
             rast   Phage protein                   41349   41876   -   
       

Рис. 1. Похоже, что RAST прав.

Разность аннотаций 2. Нет описания от GenBank.
             
             genbank hypothetical protein AH6C_039          26191   26562
             rast    Phage chromosome segregation protein   26191   26562
        

Рис. 2. RAST довольно точный ответ (конкретный белок) но blastp не дает каких либо подтверждений

Разность аннотаций 3. Нет описания от GenBank.
               
              genbank hypothetical protein AH6C_066         39124   39480
              rast    DNA polymerase, phage-associated          39124   39480
         

Рис. 3. Скорее всего RAST прав.