Семестры

Сайт ФББ МГУ
Kodomo Wiki
NCBI

RanHummer personal web-site

Банки нуклеотидных последовательностей

Задание 1. Охарактеризовать качество сборки генома эукариотического организма

Организм: Streptococcus agalactiae (Browse by organism)

Число сборок генома: 628

Число проектов по секвенированию организма: 384

Число образцов: 1940

Выбрана GCA_000012705.1 (Streptococcus agalactiae ATCC 13813)

BioProjects: PRJNA53057

Доступ	PRJNA53057
Тип данных	Секвенирование генома
Сфера деятельности	Monoisolate
Организм	Streptococcus agalactiae ATCC 13813[Taxonomy ID: 888745] Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus agalactiae; Streptococcus agalactiae ATCC 13813
Представление	Дата регистрации: 20-Jan-2011 Baylor College of Medicine
Метка префикса локуса	HMPREF9171

Данные проекта:

Имя ресурса	Число ссылок
Данные секвенирования
Нуклеотиды (Геномная ДНК)	156
WGS master	1
Капиллярные трассы (Архив трассировок)	1
Белковые последовательности	2211
Другие наборы данных
BioSample	1
Assembly	1

BioSample: SAMN00217013

Идентификаторы

BioSample: SAMN00217013; SRA: SRS173799

Организм

Streptococcus agalactiae ATCC 13813
Клеточные организмы; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus agalactiae; Streptococcus agalactiae

Пакет

MIGS: cultured bacteria/archaea; version 4.0

Атрибуты

Дата сбора	не определено
Предполагаемый размер	2274000
Хозяин	Homo sapiens
Идентификаторы исходного материала	ATCC 13813, DSM 2134
Функция среды	Homo sapiens-ассоциированный обитатель [ENVO:00009003]
Тип исследования	отсутствует
Идентификатор узла таксономии	9606 (Homo sapiens)
Название проекта	Streptococcus agalactiae ATCC 13813
Географическое местоположение	не определено
Биом окружающей среды	Наземный биом [ENVO:00000446]
Материал окружающей среды	биологический продукт [ENVO:02000043]
Ссылка для биоматериала	не определено
Широта и Долгота	не определено
Состояние изоляции и роста	не определено
Пакет окружающей среды	отсутствует
Штамм	ATCC 13813
Количество репликонов	не определено
Сбор культуры	ATCC:13813
Источник изоляции	ротовая полость
Заключительная стратегия (глубина охвата)	Level 2: High-Quality Draft52.97x;134
Sop	http://hmpdacc.org/doc/CommonGeneAnnotation_SOP.pdf
Тип проекта	Reference Genome
Misc param: HMP body site	не определено
Экстракция нуклеиновых кислот	не определено
Сборка	Newbler v. 2.3-042010
Misc param: HMP supersite	Орально
Метод секвенирования	454-Paired-end

Description

Streptococcus agalactiae strain ATCC 13813

Keywords: GSC:MIxS;MIGS:4.0

Ссылки

Human Microbiome Project at Baylor College of Medicine

BioProject

PRJNA53057 Streptococcus agalactiae ATCC 13813
Получить все образцы из этого проекта

Представление

BCM; 2011-03-03

Доступ:

SAMN00217013

ID:

217013

Число контигов: 134

Число скэффолдов: 21

N50: 31548

L50: 23

WGS: AEQQ01000001-AEQQ01000134

Самый длинный контиг: 78279

Самый короткий контиг: 532

AEQQ01000001, последовательность одного из контигов

Задание 2. Составить таблицу митохондриальных генов указанного мха

По запросу “Buxbaumia aphylla[ORGN] gene_in_mitochondrion[PROP] complete genome[TI]” вышло два почти одинаковых файла, из которых я выбрал новый (03-JUN-2015).

Число генов РНК - 27 (3 рРНК, 24 тРНК), число генов белков - 40 (а всего генов 67).

Ссылка на файл с таблицей генов .

Задание 3. Описание ключей в таблицах особенностей

misc_binding - участок нуклеиновой кислоты, который ковалентно или нековалентно связывается с некоторой молекулой, не являющейся белком или праймером. Пример - DL128564.1

misc_binding    51078..51102
            FT                   /note='99-79335-60.probe'
            FT   misc_binding    61281..61305
            FT                   /note='99-79336-369.probe'
            FT   misc_binding    80590..80614
            FT                   /note='99-79338-332.probe'

misc_feature - участок, представляющий интерес, не описывающийся другими ключами; новое или редкое свойство. Пример - FR746099.1

misc_feature    complement(join(101615..101707,101711..101797))
                     /locus_tag="Hqrw_1098"
                     /note="locus_tag: Hqrw_1098;
                     product: conserved hypothetical protein (nonfunctional);
                     gene has an in-frame stop codon and is truncated at the
                     N-terminus"
                     /pseudo

modified_base - модифицированный нуклеотид и должен быть замещен указанной молекулой. Пример - DI478390.1
```
FT   modified_base   (3)..(3)
            FT   a, c, t, g, unknown or other
```
polyA_site - сайт РНК-транскрипта, к которому будут присоединены адениновые остатки в процессе пост-транскрипционного полиаденилирования. Пример - L25286.1
```
polyA_site      5161
                     /gene="COL15A1"
```
mobile_element - участок генома, содержащий подвижные элементы. LN774864.1
```
mobile_element  72..234
                     /gene="NAA16"
                     /mobile_element_type="SINE:WSINE1"
```

ncRNA - ген некодирующей РНК. CP004140.1

ncRNA           3475..3524
                     /ncRNA_class="other"
                     /locus_tag="SM2011_c06000"
                     /product="putative ncRNA"
                     /note="corresponds to SMc06000;
                     based on oriented RNAseq data"

protein_bind - участок нуклеиновой кислоты, с которой нековалентно связывается белок. BD076083.1

FT   protein_bind    191..206
            FT   protein_bind    193..204
            FT   protein_bind    193..204
            FT   protein_bind    complement(193..204)

regulatory - участок последовательности, регулирующий транскрипцию или трансляцию (промотор, энхансер, терминатор, участок связывания с рибосомами, GC-участок, и т.д.). Пример -
```
regulatory      complement(5755..5785)
                     /regulatory_class="promoter"
                     /note="lac promoter; promoter for the E. coli lac operon"
```
rep_origin - ориджин репликации. NC_005943.1
```
rep_origin      5681..5713
```
3'UTR - 1) участок на 3' конце зрелого транскрипта (следует за стоп-кодоном), который не транслируется в белок 2) участок на 3' конце РНК вируса (следует за последним стоп-кодоном) который не транслируется в белок
```
3'UTR           6273..6431
                     /gene="3'UTR"
                     /locus_tag="NZ87_gp6"
```

Задание 4. Установить, к какому гену принадлежит последовательность, полученная в практикуме 6, и таксономию организма

Ссылка на последовательность

Description	Max score	Total score	Query cover	E value	Ident	Accession
Arabidopsis thaliana 18S rRNA gene	506	506	100%	1e-141	79%	X16077.1
A.thaliana rRNA repeat unit, most frequent IGR type	506	506	100%	1e-141	79%	X52322.1
Arabidopsis thaliana chromosome 3, complete sequence	500	571	100%	5e-140	79%	CP002686.1
Arabidopsis thaliana ecotype Col1 18S ribosomal RNA gene, partial sequence	500	500	100%	5e-140	79%	GQ380689.1
Arabidopsis thaliana chromosome 2, complete sequence	495	495	100%	2e-138	79%	CP002685.1
Arabidopsis thaliana chromosome 2 BAC F23H14 genomic sequence, complete sequence	495	495	100%	2e-138	79%	AC006837.16
Arabidopsis thaliana At2g16590/F1P15.3 mRNA sequence	495	495	100%	2e-138	79%	AY056114.1

Ясно видно, что это последовательность из гена 18S рибосомальной РНК.

Taxonomy	Number of hits	Number of Organisms	Description
Arabidopsis	270	3
--- Arabidopsis thaliana	263	1	Arabidopsis thaliana hits
--- Arabidopsis lyrata	1	2	Arabidopsis lyrata hits
------ Arabidopsis lyrata subsp. lyrata	6	1	Arabidopsis lyrata subsp. lyrata hits

Таксономически все лучшие находки принадлежат Arabidopsis thaliana , чья таксономия такова: cellular organisms ; Eukaryota ; Viridiplantae ; Streptophyta ; Streptophytina ; Embryophyta ; Tracheophyta ; Euphyllophyta ; Spermatophyta ; Magnoliophyta ; Mesangiospermae ; eudicotyledons ; Gunneridae ; Pentapetalae ; rosids ; malvids ; Brassicales ; Brassicaceae ; Camelineae ; Arabidopsis .

Выравнивание лучших находок можно посмотреть в Jalview проект-файле.

Уровень сходства с лучшей находкой – 21 замена из 100 п.н.

Уровень сходства с лучшей находкой из другого вида – 16 замен из 100 п.н. Эта находка имеет следующие параметры:

Description	Max score	Total score	Query cover	E value	Ident	Accession
Arabidopsis lyrata subsp. lyrata predicted protein, mRNA	304	304	47%	8e-81	84%	XM_002884195.1