RanHummer personal web-site

Нуклеотидный blast

Задание 2. Сравните списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast

Область поиска: Arabidopsis (taxid:3701)

	Число находок	E-value для худших находок	Сходство для худших находок	Примеры уникальных находок
	Число находок	E-value для худших находок	Сходство для худших находок	Max score	Total score	Query cover	E value	Ident	Accession
Megablast	17	2e-23 4e-20 6e-8	90% 97% 100%	62.1	62.1	5%	6e-08	100%	XM_002886274.1
Discontiguous megablast	18	4e-27 8e-24 2e-19	77% 77% 95%	152	152	47%	3e-35	73%	CP002688.1
Discontiguous megablast	18	4e-27 8e-24 2e-19	77% 77% 95%	152	152	47%	3e-35	73%	AB026661.1
Blastn	20	3e-23 2e-19 2e-7	83% 95% 100%	Все белки, которые есть выше
Blastn	20	3e-23 2e-19 2e-7	83% 95% 100%	113	113	18%	3e-23	83%	X54928.1

Megablast нашел один белок потому, что настроен на хорошие точные совпадения доменов, что вполне может быть ввиду 5% покрытия запроса. Discontiguous megablast облегчил вхождение в результат длинных, но не очень качественных покрытий. Blastn расширил диапазон еще больше и захватил промежуточный результат, самый плохой из всего, что было.

Задание 3. Проверить наличие гомологов пяти белков в геноме одного из организмов

ID	Entry	Name	Function	Amount Of good hits	Best Hit
ID	Entry	Name	Function	Amount Of good hits	Max score	Total score	Query cover	E value	Ident	Accession
HSP7C_HUMAN	P11142	Heat shock cognate 71 kDa protein	Acts as a repressor of transcriptional activation	0
TERT_HUMAN	O14746	Telomerase reverse transcriptase	essential for the replication of chromosome termini in most eukaryotes	2	106	190	43%	3e-22	28%	NC_003076.8
CISY_HUMAN	O75390	Citrate synthase, mitochondrial	Acetyl-CoA + H₂O + oxaloacetate = citrate + CoA	9	110	459	76%	3e-32	46%	NC_003074.8
RPB1_HUMAN	P24928	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1	catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates	13	899	1780	79%	0.0	54%	NC_003075.7
PABP2_HUMAN	Q86U42	Polyadenylate-binding protein 2	Involved in the 3'-end formation of mRNA precursors (pre-mRNA) by the addition of a poly(A) tail of 200-250 nt to the upstream cleavage product	3	89.7	341	26%	7e-19	64%	NC_003076.8

Итого: наибольшее совпадение было у распространенных белков, таких как ДНК-зависимая РНК-полимераза. Белок же теплового шока человека ожидаемым образом в растении не встретился. Белок цикла лимонной кислоты весьма распространен, и ожидаемо показал встречаемость в геноме.

Задание 4. Классифицировать геномы родственных вирусов по сходству последовательностей

Таблица сравнения выравниваний геномов вирусов. Использовались вирусы семейства Tobamovirus.

По результатам сравнения можно сказать, что наиболее похожи друг на друга три вируса:

ID	NC_001367.1	NC_022230.1	NC_028478.1
Name	Tobacco mosaic virus	Tomato mottle mosaic virus isolate MX5	Tomato brown rugose fruit virus isolate Tom1-Jo

Они имеют совместные выравнивания длиннее полутора тысяч нуклеотидов и сходство более 90% при этом, занимая первые три строчки качественных выравниваний. Все они имеют сходного хозяина и признаки, поэтому это было предсказуемо.