Сигналы и мотивы

После поиска бактерии в REBASE, была выбрана Gallibacterium anatis, т.к. в ней есть системы Р-М типа II с известными сайтами рестрикции.

Gallibacterium anatis — грамотрицательная бактерия семейства Pasteurellaceae, обитающая в норме в дыхательных и репродуктивных путях домашней птицы. Это основная причина заболевания домашних птиц, что приводит к снижению яйценостность и смертности кур, что серьезно влияет на общую продуктивность птицеводческих предприятий в Европе, Азии, Америке и Африке. Кроме того, бактерия способна заражать и диких птиц, а также млекопитающих, таких как крупный рогатый скот, свиней и человека.

После выбора бактерии её геном был скачан с NCBI. Для оценки представленности сайтов рестрикции была использована следущая команда:

 cbcalc -s TypeII_REs.tsv -o out.tsv sequence.fasta 

Результат. Файл out.tsv был отсортирован и отфильтрован командой, в этот раз не забудем выбрать уникальные:

 awk '{if ($5+0 <= 0.8) print}' out.tsv | sort | uniq > out_sorted.tsv 

После сортировки, фильтрации и отбора уникальных получили 33 сайта.

Результат. Следущей целью стали рестриктазы, которые могут узнавать недопредставленные в геноме Gallibacterium anatis UMN179 сайты:

cut -f 5 TypeII_REs.tsv |paste - TypeII_REs.tsv |grep -E 'no'| cut -f 2-> no.txt

Результат.

Команда выбрала из общего списка рестриктаз, представленного на kodomo, те, у которых в стобце "Predicted" стоит "no". Ну и осталось отфильтровать список рестриктаз на узнавание непредставленных сайтов. Для этого был написан скрипт.

Результат. В финальном файле осталось 119 записей о недопредставленных в геноме рестриктазах.

PSI-BLAST

Был выбран идентификатор P0AD49 - Ribosome-associated inhibitor A у E.coli. Является ингибитором работы рибосом, вероятно блокируя A-сайт.

Номер итерации	Число находок выше порога (0.005)	Идентификатор худшей находки выше порога	Е-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	Е-value этой находки
1	22	Q49VV1.1	8e-04	P19954.2	0.023
2	27	O05886.4	3e-09	-	-
3	27	O05886.4	2e-24	-	-

После третий этирации BLAST сообщил: "No new sequences were found above the 0.005 threshold". Такой результат говорить о высокой консервативности белков, выбранного семейства.