Поиск мотивов
| Мотив | Число последовательностей в нем | Длина мотива | E-Value | LOGO |
| 1 | 16 | 25 | 3.2e-178 |  |
| 2 | 16 | 41 | 2.4e-225 |  |
| 3 | 8 | 50 | 4.9e-148 |  |
Табл.1 Информация о мотивах, полученная с помощью программы MEME
Сравнение белков,найденых MEME, с полным выравниванием, выданным mascle
Рис. 1 Сравнение выравнивания muscle и блоков MEME
Сравнение выравнивания muscle и блоков MEME в формате fasta
Как видно из рисунка, ни одно из выравниваний MEME не совпадает полностью с выравниванием muscle. Вероятнее всего несовпадение происходит из-за того, что в выравннивании MEME нет гэпов. Так же потому что не все организмы представленные в MEME есть в выравнивании muscle, а те, которые есть, стоят в другом порядке.
Поиск найденных мотивов в других последовательностях
С помощью программы MAST было проанализировано выравнивание домена PF00544 белка PLY_BACSU,взятое из Pfam, которое состоит из 10 последовательностей. Среди этих последовательностей мы искали 3 мотива. Из этих мотивов только первый и второй были найдены во всех 10 последовательностях. Третий мотив не был найден ни в одной из последовательностей.
Фаил, полученный в результате работы MAST, можно посмотреть здесь