Краткое описание генома бактерии Candidatus Liberibacter asiaticus | Isaev Sergey

Электронная микрофотография Candidatus Liberibacter asiaticus

Candidatus Liberibacter — род грамотрицательных бактерий семейства Rhizobiaceae. Стоит заметить, что первая часть родового названия — Candidatus — означает, что бактерии этого рода нельзя вырастить, используя методику клеточных культур [1]. Candidatus Liberibacter asiaticus — это вид вышеназванного рода.

Candidatus Liberibacter asiaticus распространён в Азии. Там он приносит немало бед сельскому хозяйству: эта бактерия вызывает Huanglongbing (HLB), или озеленение цитрусовых, — летальную для растений инфекцию, которая передаётся через сокососущее насекомое Diaphorina citri. Побег заражённого дерева желтеет («Huanglongbing» дословно переводится с китайского как «заболевание жёлтого дракона»), а его плоды — зеленеют (полностью или частично) [2].

Геном бактерии представлен 1100 генами, которые кодируют 1016 белков. Общая длина генома — 1227328 пар нуклеотидов. Он был собран 11 июня 2013 года [3]. Если проанализировать особенности длин белков, которые закодированы в геноме описываемой бактерии (см. график 1), можно сделать вывод о том, что белки длиной 500 аминокислотных остатков и больше не характерны для неё (то есть встречаются достаточно редко), а самые часто встречаемые длины находятся в диапазоне от 101 до 200 а. о.

График 1. Гистограмма числа белков различной длины

Белок с идентификатором YP_003064950.1. Белок с идентификатором YP_003064950.1 — это субстрат-связывающий элемент ABC-транспортера¹ периплазмы² Candidatus Liberibacter asiaticus. Ниже приведена аминокислотная последовательность этого белка.

>YP_003064950.1 Periplasmic solute binding protein
MLRYFICLLFSYIPMSASATTQKKVVLSSFSIIGDITQNIAKDLVTVTTLVEAGNDSHSY
QVTSADAIKIQNADLILCNGLHLEETYMKYFTNLKKGTKIITVTDGINPIGVSEDTSVDS
EPNPHAWMSLTNAMIYIENIRKALTALDPSNAKKYELNAREYSEKIRNSILPLKTRIEKV
DPEKRWFVTSEGCLVYLAEDFGFKSLYLWPINSDSERSPSMMRHAINQMRSHKIKFIFSE
STNSDQPAKQVAYETNASYGGVLYVDSLSKPDGPAPTYLDLLRFSLTKIVDTLF

Некоторые особенности белка представлены в таблице 1.

**Таблица 1.** Описание субстрат-связывающего белка периплазмы из генома бактерии Candidatus *Liberibacter asiaticus*
Параметр	Значение
Идентификатор белка	YP_003064950.1
Идентификатор GI	254780537
Идентификатор генома	NC_012985
Координаты гена в геноме	742844..743728
Длина гена (в п.н.)	885
Цепь	Обратная
Длина белка (в а.о.)	294

На схеме 1 представлено геномное окружение рассматриваемого белка (был использован ресурс NCBI Nucleotide [6]).

Схема 1. Геномное окружение белка YP_003064950.1

Примечания:

ABC, или AТР-binding cassette, — это суперсемейство белков, которые участвуют в процессах, сопряжённых с гидролизом АТФ. Трансмембранный транспорт обеспечивается ABC-транспортной системой, состоящей из нескольких белков: одни участвуют непосредственно в гидролизе АТФ (Nucleotide Binding Domains proteins, нуклеотид-связывающие белки) и перемещении субстрата; другие (Membrane Spanning Domains proteins, белки-трансмембранные каналы) образуют собственно трансмембранные каналы; третьи, имеющиеся только у систем, обеспечивающих транспорт в клетку, обеспечивают распознавание и связывание субстрата (Solute Binding protein, SBP) [4].
Периплазма — это содержимое периплазматического пространства. Периплазматическое пространство — это особый компартмент, находящийся между плазматической и внешней мембранами грамотрицательных бактерий [5].

Источники: