Практическая биоинформатика
На странице публикуются отчёты по практикумам, выполненным в контексте курсов по практической биоинформатике.
I семестр. Первое знакомство
- Краткое описание генома вируса Bovine viral diarrhea virus 1 »
- Краткое описание генома бактерии Candidatus Liberibacter asiaticus »
- Excel: отчёты по практикумам »
II семестр. Белки
- Визуализация периплазматического металл-связывающего белка Candidatus Liberibacter asiaticus »
- Визуализация белков и ДНК-белковых взаимодействий »
- Введение в базы данных: UnipProt и RefSeq Protein »
- Протеомы и EMBOSS »
- Введение в выравнивание биологических последовательностей »
- Анализ множественных выравниваний »
- Построение парных выравниваний и поиск по сходству »
III семестр. Структуры и последовательности нуклеиновых кислот
- Химическое строение нуклеиновых кислот »
- A- и B-формы ДНК. Строение РНК »
- Комплексы ДНК-белок »
- Прочтение последовательностей по Сэнгеру »
- Нуклеотидные банки данных »
- Поиск по сходству (нуклеотидный blast) »
- EMBOSS. Выравнивание геномов »
- Предсказание генов прокариот »
- Предсказание генов эукариот »
- Ресеквенирование геномов. Поиск полиморфизмов у человека »
- Сборка геномов de novo »
IV семестр. Эволюция последовательностей
- Что такое филогенетическое дерево »
- Реконструкция филогении »
- Укоренение и бутстрэп »
- Построение филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги »
- KEGG ORTHOLOGY »
- Геномное окружение. База данных GO »
- Мембранные белки »
- Поиск сигналов »
- ChIP-Seq »
- Доменные архитектуры и их эволюция »
- Профили »
VII семестр. Биоинформатика в 3D
- Электронная плотность »
- Кристалл из белков »
- Восстановление структуры по экспериментальным данным РСА в одномерной модели »
- Поиск по PDB и содержание PDB файла »
- Сравнение ЯМР- и РСА-структур одного белка »
- Вторичная структура белка »
- Файл структурных факторов »
- Совмещение белков »
- Гидрофобные кластеры »
- Отчёт по качеству расшифровки структуры при помощи РСА »