Анализ множественных выравниваний | Isaev Sergey

1

1а. В множественном выравнивании, полученном в результате предыдущего практикума, были выделены вертикальные блоки (символ «B»), в которых находятся, предположительно, гомологичные аминокислоты (проект).

Рис. 1а. Множественное выравнивание гомологичных белков с выделенными блоками гомологичных аминокислот

1b. Среди пяти рассматриваемых белков три показались мне более идентичными между собой, чем в совокупности с остальными двумя. На основании этого можно выделить гомологичные участки внутри этой группы из трёх (I2G493_USTH4, A0A0K0JDT2_BRUMA, G3I0A8_CRIGR) белков (символ «H»), которые, однако, могут быть не гомологичны с соответствующими в выравнивании участками других белков (проект).

Рис. 1b. Блоки гомологичных аминокислот внутри группы из трёх выбранных белков

2

2a. Проанализируем блок 28-49 выравнивания пяти белков. Абсолютно консервативны там 11 (50%) аминокислотных остатков, абсолютно функционально консервативны — 16 (72.73%) аминокислотных остатков.

2b. На участке перед первым блоком наблюдаются 3 гэповые позиции (11.11%), на участке после — 1 гэповая позиция (1.92%) (проект).

Рис. 2b. Участки перед и после гомологичных блоков обозначены символом «-», гэпы внутри них — «!»

3

Консенсусная последовательность блока 62-76, посчитанная при помощи JalView, выглядит следующим образом:

ESVKAASDIYAPLSG

Рис. 3. Лого консенсусной последовательности,
полученное при помощи ресурса WebLogo 3

4

Паттерн исследуемого блока:

E-S-V-K-A(2)-S-[DE]-[IL]-Y-[ASV]-P-[VLI]-[AS]-G

5

Была добавлена последовательность человеческого гистона H1.5 (P16401), после чего была предпринята попытка выравнять эту последовательность с имеющимся выравниванием. Результат представлен на рисунке 5 (проект).

Рис. 5. Выравнивание белка последовательности гистона H1.5 на имеющееся выравнивание

В результате блок 62-76 теперь содержит 5 абсолютно консервативных колонок и не содержит функционально консервативных колонок (33.33%), в блоке 28-49 консервативность меньше. Это 50% от 10 абсолютно консервативных колонок этого блока в изначальном выравнивании (также в изначальном выравнивании были две не абсолютно, но функционально консервативные аминокислоты).

6

Были взяты следующие белки: NP_354235.1, NP_213288.1, NP_809341.1, NP_295013.1, NP_953118.2. Было построено их множественное выравнивание (проект).

Рис. 6. Выравнивание заведомо не гомологичных белков

Как можно заметить из выравнивания, нет возможности выделить ни одного блока, который можно было бы посчитать гомологичным.