Построение парных выравниваний. Поиск по сходству | Isaev Sergey

1

Был выполнен поиск гомологов белка YP_003064950.1 по таксону Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend 1907) Conn 1942 (Approved Lists 1980) (taxid:358). Посмотреть на параметры поиска можно тут. Лучшая выдача — белок Query cover 99% и E-value 3 * 10^—103. Из найденных 49 белков примерно 30 можно считать относительно достоверными гомологами изачального белка. Была выбрана 31 последовательность с разными значениями E-value + 1 последовательность изначального белка (см. .fasta-файл)

Рис. 1. Результат работы инструмента Blast

2

При помощи программы Muscle было простроено множественное выравнивание загруженных последовательностей (проект).

Рис. 2. Множественное выравнивание результатов работы программы Blast

3

Были построены глобальное и локальное выравнивания (проект) с белком WP_010971688.1.

Рис. 3. Выравнивания результатов работы (сверху вниз) Muscle (глобальное), Water (локальное), Needle (глобальное) и Blast (локальное)

4

Были сравнены глобальные и локальные выравнивания. Во многом они оказались идентичны(см. проект).

Рис. 4. Общее выравнивание между различными выравниваниями (сверху вниз) Muscle (глобальное), Needle (глобальное), Water (локальное) и Blast (локальное)

5

Процедуры, проделанные в предыдущем пункте, были проделаны также и с парой моего белка с белком NP_274428. Видно, что результаты программ Needle и выравнивания при помощи Muscle сильно разнятся. Также непросто картировать локальное выравнивание ни на одно из глобальных выравниваний (предпринята попытка картировать на выравнивание при помощи Muscle) (см. проект).

Рис. 5. Попытка построить общее выравнивание между различными выравниваниями заведомо негомологичных белков (сверху вниз) Muscle (глобальное), Needle (глобальное), Water (локальное)