I
В базе данных OPM был найден исходный белок 2WSW. Для анализа белков с β-листами был взят белок 4RDT.
| PDB ID | Толщина гидрофобной части мембраны | Трансмембранные участки | Среднее число остатков в трансмембранных участках |
|---|---|---|---|
2WSW |
29.8 ± 0.5 Å | Segments: 1(13-30), 2(52-67), 3(92-98), 4(102-112), 5(132-142), 6(144-154), 7(187-216), 8(231-248), 9(254-277), 10(312-335), 11(348-370), 12(404-433), 13(447-464), 14(469-492)(внутренняя мембрана) |
17.93 |
4RDT |
23.4 ± 0.8 Å | Segments: 1(148-156), 2(163-171), 3(177-185), 4(211-219), 5(224-230), 6(310-318), 7(324-332), 8(356-363), 9(369-377), 10(406-415), 11(418-426), 12(462-470), 13(477-482), 14(519-526), 15(533-539), 16(580-588), 17(595-600), 18(639-647), 19(654-659), 20(679-688), 21(694-701), 22(725-732)(внешняя мембрана) |
7.32 |
Визуализированные белки представлены ниже.
II
Дальше на выданном белке было проверено качество предсказания двух онлайн-сервисов: TMHMM и Phobius. Вот их результаты работы в текстовом формате: TMHMM и Phobius. Ниже представлена графическая интерпретация результатов.
| TMHMM | Phobius |
|---|---|
 |
 |
Обе программы показали 12 трансмембранных участков, однако это не так: согласно аннотации и структуре, трансмембранных участков 14. Так, например, совпадают между собой и с реальностью предсказания первого участка (тут TMHMM оказался точнее), а начиная со второго предсказания уже неточны и сильно смещены. Стоит отметить, что предсказания двух используемых сервисов практически идентичны.
III
TCBD, или Transporter Classification Database, содержит данные по белкам мембранного транспорта и разработке их классификации. В этой базе данных были найдены оба белка: 2WSW (2.A.15.2.2) и 4RDT (1.B.14.2.9). Рассмотрим код для первого белка.
2.[...]— потенциал-зависимые электрохимические транспортёры;2.A.[...]— симпорты, антипорты, унипорты;2.A.15.[...]— транспортёры бетоинового/карнитинового/холинового семейства.
1.[...]— каналы, поры;2.A.[...]— β-бочонковые порины;2.A.15.[...]— рецепторы внешней мембраны.