I и III

В .pdb-файле для уже описанной в предыдущем практикуме структуры SpnF (PDB ID: 4PNE) в поле CRYST1 указаны параметры элементарной ячейки кристалла:

CRYST1   41.740   69.350   83.630  90.00  97.49  90.00 P 1 21 1      4

Тут первые три числа (41.740, 69.350 и 83.630) — это длины направляющих векторов (Å), три следующих (90.00, 97.49 и 90.00) — это углы между ними. Видно, что базис пространства неортогонален. Далее следует символика Германа-Могена, при помощи которой описывается тип кристалла. Последнее число — это количество элементарных цепей в ячейке (что, по всей видимости, соответствует истине).

Далее была воссоздана структура ячейки кристалла кристалла. Асимметрической единицей в ячейке является гомодимер, биологически функциональную роль же SpnF выполняет, по всей видимости, в составе мономера. (Ассиметрическая единица — это часть структуры, из которой симметричными преобразованиями может быть получен весь кристалл.) Во всю ячейку кристалла входят две ассиметрические единицы (соответственно, 4 белка):

При первоначальном просмотре структуры ячейки мне показалось, что ячейка состоит из большего числа мономеров. Однако, видимо, это ощущение возникло из-за того, что даже внутри одной ячейки, представленные выше, белки «вылезают» за границы и могут оказаться на «чужой территории». Свидетельства о сильном или консервативном взаимодействии мономеров обнаружены не были.

II

Объяснение структуры 3HDD. Предложенная к рассмотрению структура, по всей видимости, содержит ошибки описания, потому что, как правильно было замечено в задании, одна из полипептидных цепей в принципе не взаимодействует с ДНК. Однако же если достроить соседние ячейки, всё станет понятнее, и белок, по образу и подобию другой субъединицы, свяжется с большой бороздкой (как, собственно, и должно было быть, потому что это один и тот же белок). На рисунке нижем серым обозначено продолжение ячейки: